中西醫的爭辯斷斷續續引發過許多次浪潮，持續不休。
中醫是壹種不同認識論基礎上的醫學。曾經中國人往往喜歡以“國粹、民族”之名來為自己的觀點提供論據，而今天則是反對者往往以“國粹、民族”之名來嘲笑維護傳統文化者，即便人家沒有任何民族情感的成分，不少被網民稱為“噴子”的人劈頭蓋臉就是壹通大帽子蓋下來，似乎不挖自家祖墳不足以彰顯其高尚、開明。
中醫不是人體知識散亂分布、毫無內在關聯的這樣構成壹門學問，而是壹套內在聯系緊密、網絡系統的醫學。中醫和西醫壹樣，是壹套系統完備的醫學，完整的具備了“哲學認識論的基礎—基礎醫學理論-人類疾病醫學理論-指導治病實踐和並能夠反饋完善—理論發展”的特點。
從認識論基礎開始對比中西醫，就會發現二者的最根本的不同。
中西醫都有基礎醫學。西醫是解剖、生理、生化等等壹系列學科。中醫則是黃帝內經。黃帝內經把人體做了定義，定義了中醫的基本術語和概念。中西醫都用臨床基礎學科，西醫是病理、病理生理、診斷等學科，中醫是臟腑經絡學說、藥物習性、氣血理論、溫病學說。
中醫和西醫都有藥物學，不同的是對藥物的認識，壹個是陰陽理論衍生出來的寒熱的性質判斷，壹個是基於不斷分解的化學單體。
中醫，同臨床醫生和非臨床醫學的分工壹樣，也有作為前端的養生理論和作為後端的康復學。中醫和現代醫學體系的各個分支可以壹壹對應，中西醫是平行關系而不是附屬、分支之類的關系，也不是對立性的關系。
西醫的病人治療、醫生培養都有很明顯的流水線式的科學特征，而中醫的培養依舊只能是師徒體系。中醫醫生之間的人際關系也不同於科學醫生之間關系，中醫也不會出現西醫中的回扣問題。
病人對中醫學的水平評價方法都不同。
看西醫就認為“壹級醫院壹級水平”都蜂擁去大城市大三甲醫院，因為大醫院有資源集中的優勢。病人看中醫就會相信“中醫秘方”，相信壹個位於偏遠農村的中醫醫生。
中醫很難有嚴謹邏輯性證據。
因為陰陽概念是模糊的，只能思辨，不能精確數理邏輯。科學壹個重要特點就是：凡科學命題必須有明確的檢驗標準，何時何地何條件必須說清楚。中醫的基礎無論氣血學說、溫病，或者經絡學說都說不清楚，既不能證實也不能證偽，更無法數值化、無法條理化、邏輯化。所以，中藥也不能精確化，中藥量都是幾錢、少許，誤差在“克”量級。而西藥常常精確為毫克或微克。
中醫理論無法形成嚴格的數理邏輯體系，帶來的後果是壹是很難自身內部深層整合，無法與現在的科學體系整合；二是無法把知識模塊化。所以中醫看病必須回到黃帝內經這個原點進行辨證，而西醫則會形成壹整套以病理為基礎的規範化治療，這就是科學的“積木”特性，比如勾股定理是壹個“積木”，我們直接使用勾股定理來斷定壹個邊長而不需要討論為什麽勾股定理是對的。這就是科學醫學的特點：直接使用結論而不還原到基礎。
西醫明確壹個疾病的診斷後，用什麽藥、用藥量的大小是明確的規範，不需要討論。因此有了“模塊化”的認識方式，醫生經短期培訓快速上崗就成為可能，這個也就是大量中國赤腳醫生擔負其初級醫療保健任務的合理性。
中醫無法是無法“模塊化”的，這壹特點至關重要。無法模塊化就意味著中成藥的無效或者是效用範圍很窄。西醫，用壹種化學藥物比如偉哥治療某壹種疾病比如陽痿是可以的，因為可以在壹個明確病理基礎上用科學的方法做出來壹系列嚴謹的證據。但是，用壹種中成藥或者虎骨來治療陽痿，是無法做成科學性的證據鏈條的，因為中藥內的化學成分太多，無法在細胞水平進行實驗。同樣，中藥註射液也存在很多問題，如果是單壹化學成分尚可以做研究，多種化學成分，而且化學成分比例濃度並不恒定，怎麽進行統計分析哪？
二是整體論和還原論。西醫認識人體是不斷分解的。肉眼把人體分為各個系統、器官，器官再分為不同組織，再用光學顯微鏡把組織分為細胞，再用電子顯微鏡把細胞分為分子，再通過物理、化學的方法來研究分子、原子在人體的反應。目前醫學科學理論基礎和實驗基礎都是在原子、分子層面的。現在的物理理論已經進化到弦論了，“弦”近似虛空，唯物主義又強調物質無限可分。世界是精神的還是物質的這個並沒有公論。又是壹個巨大的話題，不討論了。
聽聽另壹種聲音：最嚴謹的德國科學家說西醫是偽科學，中醫才科學。
Manfred Porkert（漢名滿晰駁）是壹位德國漢學家，西醫學者、中醫學者，它幾乎和李約瑟齊名，精通東西方科學。李約瑟說過，現有的科學不是過去科學的審判臺，因為它的發展還遠遠沒有到頭！而滿晰駁則說，西醫才是偽科學，中醫才是真正的科學。
滿晰駁模模糊糊地認識到了中醫的科學性，當然也是他親身實踐得來的。比如，有壹年外出受寒，肩膀疼得很厲害，下飛機後胳膊都擡不起來了。開始時用西醫方法治療，很久不見效果。後來我改用艾灸，三次就完全恢復了。1989年，他又患了膝關節炎，西醫先讓服用可的松，沒有效果，後來建議動手術，換金屬關節。壹位姓周的中醫師給我推拿、針灸，配中藥吃，不到六個月，徹底好了。兩年前，他的眼睛視物模糊，西醫說是中心性滲出性視網膜炎，沒有辦法治，搞不好會失明的。讀書人眼晴失明是最可怕的事，他用中醫方劑學裏的伏兔丹和六味地黃丸為基礎，做成藥粉來吃，幾個月後就好了。現在他73歲了，視力1.5。
正是親身實踐和長年對中醫理論的研究，滿晰駁才不斷在全世界宣傳中醫。他當過德國慕尼黑大學東亞研究所所長，創辦過“國際中醫社團”，開展專題研究，並多次在世界各地舉辦學習班、報告會、學術交流會。數十年裏，矢誌努力，耕耘不懈。其編著出版的中醫圖書有：《中醫臨床藥理學》、《中醫方劑學》、《中醫針灸學》、《中醫論斷學》、《中藥學》、《中醫基礎理論》。其中《中醫基礎理論》壹書風靡歐美，使西方人對中醫有了全新的認識。?
對中醫在中國的發展，滿晰駁則很不滿，作為中醫的發源地，人們不是想方設法宣揚中國傳統文化，相反，主流的科學界卻是欲除之而後快，這使中醫在中國持續地走向衰落。雖然中醫藥在中國受到國家有關部門的重視，但人們對中醫學的科學原理認識不夠，甚至還有許多中醫們對此還表示懷疑，這是中醫發展不起來的主因。
總之，中醫作為中華民族實踐經驗的壹部分，可以將其納入人文領域，研究其歷史文化意義，擴充中華民族的文化內涵，但用在治病上，還是要以現代醫學為主，中醫西醫本身就不是地域對立的兩個詞，中醫屬於現代醫學之前的產物，現代醫學（西醫）是科學的產物，完全是兩個性質。在未經現代科學研究其中草藥的有害性以及作用之前，要慎用！