公元1650年，壹位名叫勞澄的老者來到古城長沙，在坡子街開了壹家小藥鋪，並許下承諾：立下心願，要用自己有限的力量，普救天下生靈。勞氏後代繼承了祖業，苦心經營，並夢中夢見庭中桂樹生出九顆靈芝得到啟示，給藥鋪起名為勞九芝堂。勞氏族人為了這壹美好的心願，壹代代精心勞作，終於使家業有了發展。清末民初，政局動蕩，民生雕敞。
勞九芝堂經過 200多年的風雨滄桑，雖然從產品質量到店務經營以及資金來源都具備了壹定的實力，可是囿於封建的生產關系的束縛，長期舉步不前，壹直是壹個既不吸收外股，也不另設分店的保守的封建企業。特別是勞氏股東之間常發生內訌，致使業務逐漸衰落 ，到民國7年（1918年）已頻臨倒閉的邊緣。後由族眾推舉勞昆僧出任經理，他自墊銀洋300元 ，充實流動資金，竭立整頓店務，才使藥鋪重現生機，出現了壹個中興局面，到1930年，年營業額達到18萬銀元，抗了壹個中興局面，到1930年，年營業額達到18萬銀元，抗日戰爭前夕勞九芝堂累計資金達40萬銀元（包括不動產），但到1938年11月，長沙文夕大火，店房被燒毀，資金損失在半數以上。1944年日軍侵陷長沙，1949年湖南和平解放時，店鋪已陷於壹蹶不振之境地。 中華人民***和國解放的春風給勞九芝堂帶來了復蘇與振興，1953年成立了私營性質的新中制藥廠。
1956年公私合營中以勞九芝堂藥鋪為主，合並多家藥店，成立了九芝堂加工廠，並設計啟用了芝字牌商標，從此，昔日那個芨芨以求於封建生產關系之下的勞九芝堂藥鋪，告別了漫長的風雨飄搖的歷史，跨入了壹個嶄新的時代。
1967年更名為長沙市中藥壹廠。
1992年在北京人民大會堂的新聞發布會上，正式恢復了老字號廠名為長沙九芝堂制藥廠。
1994年實行公司制改組，組建長沙九芝堂藥業集團公司，實現了工廠制向公司制的轉軌。
1995年兼並了國有中型商業企業長沙市藥材公司，有效地實現了工商結合，優勢互補的目標。
1996年為加快建立現代企業制度，積極實施集團發展戰略，與長沙神箭制藥總廠實現強強聯合，正式組建了長沙九芝堂（集團）有限公司。
1997年10月，與國投興業有限公司結成戰略合作關系，這樣長沙九芝堂（集團）有限公司成為擁有多家全資、控股子公司和參股企業，成為湖南醫藥行業的龍頭。
1999年5月，集團公司與國投藥業投資有限公司（現已變更為國投創業投資有限公司）、海南湘遠經濟貿易公司（現已變更為海南湘遠工貿有限公司）、湖南省醫藥公司、湖南長沙友誼（集團）有限公司（現已變更為湖南友誼阿波羅股份有限公司）等五家發起人以發起設立方式成立湖南九芝堂股份有限公司。
2000年6月發行社會公眾股4000萬股，並在深圳證券交易所掛牌上市。
2002年10月公司實施每10股轉增3股的資本公積金轉增股本方案，轉增後公司總股本變為16720.6萬股，其中社會公眾股5200萬股。
2003年8月公司增發5100萬新股。