在編撰《本草綱目》的過程中，最讓李時珍頭疼的是，由於藥物的名稱混雜，往往混淆了藥物的形狀和生長。過去的草書雖經反復解釋，但有些作者是從書上抄來的，而不是深入實際調查研究，所以越解釋越糊塗，矛盾重重，讓人無法茍同。
李時珍在父親的啟發下，認識到“讀萬卷書”是必要的，但更需要“走萬裏路”。於是，他不僅“收白”而且“訪四方”進行深入調查。
經過27年的長期努力，《本草綱目》初稿完成於明神宗萬歷六年(1578)，享年61。後來在10年間又修改了三次，前後算40年。卒於萬歷二十壹年(公元1593)。萬歷二十五年(1596)，李時珍死後第三年，《本草綱目》在金陵(今南京)正式出版。
李時珍的個人著述
李時珍的著作仍代代相傳，如《奇經八脈研究》、《令狐經》。還有《命門考》、《湖上醫案》、《五臟圖論》、《三焦柯南》、《死後天堂論》、《白花蛇的故事》等等。
李時珍覺得當時的中醫脈學有很多不足甚至謬誤，於是在1564年(明嘉靖四十三年)根據父親李嶽池寫的《發明四診》和歷史上其他脈學理論編撰了《脈訣》，即《令狐脈學》。
《湖濱脈》是李時珍晚年所作，名曰《湖濱脈》。《令狐脈》語言簡練，脈論清晰。它不僅將臨床復雜的脈象歸納為27種基本脈象，而且將主要內容即脈象、辨證、脈象以韻文、歌曲的形式寫出來，背誦起來便宜。因此，其書在世界上廣為流傳，壹直受到醫生的高度贊揚。