植物在生長發育時，會消耗根部儲存的養分。因此，黃芪、黨參、丹參、桔梗、牡丹皮、地骨皮、前胡等根及根莖壹般在植物休眠期，即秋冬落葉後，次年早春發芽前采集。此時地下根和根莖中儲存的營養成分和有效成分含量最高。
白芷、當歸、川芎等少數藥材應在生長期采收。采收方法:選擇雨後晴天或陰天，土壤潮濕時用鋤頭或專用工具挖掘。采挖時註意保持根皮完整，以免損壞，降低藥材質量。
什麽是根莖藥？
根莖包括根莖、塊莖、鱗莖和鱗莖，其中以根莖較為常見。外觀上有類似地上莖的節和節間，尤其是單子葉植物；側面和下面有細長的不定根或根痕。具體來說，有以下幾類:
1.雙子葉植物多為根莖，呈結節狀，圓柱形，分枝長，或不規則塊狀，或拳頭狀塊狀。節和節間明顯，節上有退化小葉或葉痕，頂芽或腋芽或芽痕。橫切面外表面常有木栓層，維管束呈環狀排列，中央有髓。這種木材有明顯的放射狀紋理。註意結構異常:大黃的星點。
2.單子葉植物的根莖包括根莖、塊莖、鱗莖和球根。
根莖的表面節和節間尤為明顯。如:石菖蒲、黃精等。
塊莖肉質，表面有短節間，節上有芽，退化有鱗葉，如半夏。
肉質球狀，表面有明顯的節和縮短的節間，節上有大的膜狀鱗片，基部有發達的頂芽和不定根，如菱角。
鱗莖下面有鱗莖盤，上面有肉質鱗片和頂芽，基部有不定根或疤痕，如川貝母。內皮層可見橫切面，無形成層，維管束散在皮層和中柱中，髓不明顯。部分切片可見散在分泌物。