白芨種植過程中，要定期對林中闊葉樹進行間伐，定期安排工人清除林中雜草和過多的枯枝落葉，加強林中通風，避免病蟲害的發生。白芨發生病蟲害後，應先采取物理或生物措施進行處理，必要時使用化學農藥。農藥的使用應遵循“三低”要求，即低毒、低劑量、低殘留。不得使用國家禁用的農藥。但需要註意的是，收獲白芨前2個月內禁止使用任何農藥。
1疾病控制
白芨常見的病害有炭疽病、根腐病和銹病。根腐病壹般是排水不暢造成的，雨季要及時排水。病害嚴重時，可將50%多菌靈可濕性粉劑稀釋至800 ~ 1 000倍進行噴灑。高溫雨季發生炭疽病時，剛發現少量受感染植物，應及時拔除。在嚴重的情況下，可以用70%的甲基支持物稀釋到1 000倍。銹病發生時，可將25%三唑酮可濕性粉劑稀釋到1000倍，噴灑在病斑上。病斑多的時候，粉銹可以稀釋到600倍。
2蟲害控制
白芨害蟲有蚜蟲、介殼蟲、鼴鼠、地老虎等。蚜蟲較多時，用10%吡蟲啉可濕性粉劑稀釋至1 000 ~ 1 200倍後噴灑；林地噴灑50%鋅磷乳油700倍液，殺滅地老虎、蟋蟀等地下害蟲。
白芨定植4年後即可采收。采收時間選在秋季或春季發芽前，天氣晴朗時進行采挖。先把林地裏的枯葉清理幹凈，然後把白芨的根挖出來，把根上較大的土塊抖掉，用刀把帶芽的根剪掉，去掉根上的須根，用清水洗凈，然後放在開水裏煮，大概需要10 min，看白芨沒有白心。取出曬幹或在低於70℃溫度下曬幹..幹燥的白芨應存放在幹燥陰涼通風處，避免強光直射，做好防蟲工作。白芨產量很高，壹般667m 2可產1 000 kg(鮮重)左右，加工成白芨幹約300 kg。白芨的品質為半透明、白色、飽滿、堅實、優良。