醫藥企業整體創新能力有限。創新是制藥行業的生命線。醫藥行業的創新動力主要來自兩個方面:壹是人類健康不斷受到各種新型疾病的威脅，醫藥行業必須不斷拓展自身的發展領域；第二，細菌和病毒的變異降低了傳統藥物的療效，促使人類加快藥物更新換代的步伐。
醫藥行業也是壹個高投入、高回報、高風險的行業。由於制藥行業壹直面臨著持續創新的巨大壓力，制藥企業必須加大研發力度。發達國家的制藥工業將銷售額的10%~20%用於新藥的研發，成功研制壹種新的化學合成藥物需要花費2-3億美元以上。
2003年中國醫藥工業總產值為6543.8+020億人民幣，還不如國際制藥巨頭默沙東的年產值。然而，近年來中國整個醫藥行業的R&D投資僅在總銷售額的654.38+0%左右徘徊。
醫藥產品以仿制藥為主，技術含量較低。仿制藥是指相對常見的藥品，具有臨床應用普遍、療效確切、用量大、價格低廉等特點，多為國家基本藥物。仿制藥的生產企業大多是中小企業，缺乏資金實力、研發實力、營銷網絡等基礎。所以相對於新藥和特藥，其技術含量低，導致附加值低。
總體而言，我國制藥水平仍明顯低於國際先進水平，制劑附加值與原料的比值為3:1，僅為美國同比值的十分之壹。在日益激烈的市場競爭中，仿制藥生產企業的經營效益普遍較差。
缺乏自主知識產權的藥品。我國制劑生產落後，主要模仿國外新藥，缺乏自主知識產權。由於我國醫藥產業創新能力不足，我國市場上流通的國產藥品基本都不是原創新藥，仿制藥(仿制藥)的生產壹直是我國醫藥產業發展的支點。
事實上，除了中藥，我國幾乎沒有自主知識產權的藥物。
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