首先，有些水果含有壹種單寧成分，這種成分在綠色水果中比較常見，比如未成熟的柿子、蘋果、杏子等。這種成分雖然是天然植物成分，但容易與藥物發生反應，導致藥物在體內聚集沈澱，溶解度變小，從而降低藥效。
其次，大部分水果中含有檸檬酸和蘋果酸，會改變腸道內的pH值，間接影響藥物作用。對pH敏感的藥物，如口服青黴素類藥物，與酸性較大的水果(如山楂、橙子、葡萄等)壹起服用也會影響藥物療效。).
再次，水果中壹般含有鈣、鎂等金屬離子，可與某些種類的藥物(如四環素)發生反應，形成難溶的絡合物，阻礙藥物在體內的吸收。
此外，某些水果(如柚子)中的成分會降低體內藥物代謝酶(主要是CYP3A4酶)的活性，使藥物在體內的濃度升高，導致不良反應。目前發現柚子汁對環孢素和降壓藥有明顯的抑制作用。
降血脂藥、抗生素、安眠藥、抗過敏藥等。人們常用的可能與水果中的物質相互作用，使藥物失效或產生毒副作用。例如，壹些抗過敏藥物會與葡萄柚和柑橘類水果發生反應，導致心律失常，甚至致命的心室顫動。過敏性鼻炎患者如果在服用抗過敏藥特非那定的同時飲用葡萄柚汁，可能會死於中毒。另外，有些水果能與抗生素發生反應，影響藥物的吸收。本來他們空腹可以吸收60%，吃了水果後可能只能吸收40%。