（壹）依據國家衛生、藥品的有關政策和法律法規，研究擬定中醫、中醫中藥結合、中西醫結合以及民族醫療醫藥的方針、政策和發展戰略；組織起草有關法律、法規並監督執行。
（二）根據各類衛生技術準則和中醫藥自身特點，擬定中醫醫療、保健、中藥、護理等有關人員的技術職務評定標準和醫療、保健、護理等人員執業資格標準並監督實施；參加制訂國家基本藥物目錄和執業中藥師資格標準。
（三）規劃、指導和協調中醫醫療、科研、教學機構的結構布局及其運行機制的改革；擬定各類中醫醫療、保健等機構管理規範和技術標準並監督執行。
（四）對中醫醫療、預防、保健、康復、護理及臨床用藥等進行監督和業務指導；依據有關規定在中醫行業推行醫藥人員執業資格制度。
（五）研究和指導中西醫結合工作，擬定有關管理規範和技術標準；
監督和協調管理中西醫結合的醫療、研究機構。
（六）研究和指導藏醫、蒙醫、維醫等各民族醫療醫藥工作；
組織各民族醫療醫藥的理論、醫術、藥物的發掘、整理、總結和提高；擬定和逐步完善相關的制度規範和技術標準；
監督和協調管理各民族醫療、醫藥機構。
（七）擬定和組織實施中醫藥科學研究、技術開發規劃，加強重點實驗室建設；管理國家重大中醫藥科研項目，組織重大中醫藥科技成果的獎勵、推廣和保密工作。
（八）在國家教育方針指導下，組織擬定和實施中醫藥教育發展規劃，加強中醫藥人才培養，註重中醫藥師承教育；對中醫藥教育質量進行監督和業務指導並在教育及實踐中提高人才素質和專業水平。
（九）組織擬定中醫藥人員職業道德規範，倡導並監督醫德醫風建設，加強敬業愛崗宣傳，提高中醫行業人員思想道德素質和醫療保健服務質量。
（十）指導與協調中醫藥對外及香港特別行政區和澳門、臺灣地區的學術交流、人才培養和技術合作，推進中醫藥科學的國際傳播。
（十壹）按規定權限負責局機關及直屬單位的有關辦公事務、人事管理和黨群工作；
聯系相關中醫藥社會團體。
（十二）承辦國務院及衛生部交辦的其他事項。