早期的藥層研究往往是基於人們的經驗，但隨著計算化學和藥物設計方法的發展，出現了各種藥層識別軟件。目前，藥代研究已經發展成為壹個可以自動進行構象分析、分子堆積和藥代鑒定的系統，整個過程較少引入人工幹預。這些藥物設計軟件的使用大大提高了藥代鑒定的效率和準確性。目前，應用最廣泛的藥代鑒定軟件包括 Sybyl 的 DISCO（距離比較）和 GASP（遺傳算法相似性程序）模塊，以及 Accelrys 的 Catalyst 等。這些軟件的主要區別在於靈活構象的處理和藥層結構的疊加。
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