慶應四年(1868，同年改為明治元年)正月，駐守大阪城的德川慶喜炮制“乞表”，將舊幕府軍隊派往京都。三天後的傍晚，京都郊外，兩地幕府軍與薩摩和常州宗親的部隊交火。鳥羽之戰是舊幕府和笹川派之間的真實戰爭。德川慶喜戰敗，逃往東方，最後向政府投降。這三天的戰鬥徹底終結了持續260多年的德川政權。鳥羽福建之戰後，新政府軍立即東進。
4月11日，江戶城被政府軍接管。4月20日，被局外宣布中立、置於國際管制的西方列強開放的港口橫濱也被引渡到新政府。其間，舊幕府中的強硬派帶領步兵、散兵等新幕府軍隊相繼出逃，並在關東各地與政府軍發生沖突。
15年5月，舊幕府抵抗組織中最大的勢力——秋野隊在上野之戰中全軍覆沒，德川家族70萬石作為駿河之國的名號得以保留，也就是後來的靜岡藩。在這個階段，所有的名人們無論來自何方，都必須斷絕與德川家族的主從關系，參加並協助十字軍東征，以此作為對新政府效忠的象征。對皇帝的絕對服從是他們維護鄰國的最起碼條件。
江戶開城事件和“橋本關保衛戰”崩潰時，幕府後院起火。作為幕府重要的水陸交匯地，幕府藩屬點城突然宣布禁止幕府入城，導致巖倉具視率領的幕府軍迅速占領重要據點——酒瓶，雙方爭奪，幕府全線潰敗。當從前線撤退的幕府軍試圖進入點城時，得知點城已經決定放棄德川幕府。無奈之下，幕府軍只好南下橋本關，但鎮守橋本關的藤谷也在反幕府派的鼓動下背叛了幕府，將關隘附近的高濱炮臺對準了幕府軍。“橋本關”的倒戈宣告了鳥羽之戰的結束，德川幕府失去了馮靜恩，付出了巨大的代價，但噩耗不止於此。與此同時，在本州的另壹端，壹場新的戰鬥讓德川清溪苦不堪言。
另壹方面，和第二次常州戰爭壹樣，匯金和莊內兩個諸侯采取所謂“備戰服從”的態度，造成了新政府繼德川家族之後的第二次討伐目標。為了避免軍事調動，敖余諸侯上書新政府派來的鎮總督，赦免匯金和村裏的兩個諸侯。但是被撒昌的工作人員拒絕了。因此，奧玉的領主們懷疑新政府的合法性。
5月3日，在仙臺凡凡的石石城成立了敖宇竹凡聯盟。該聯盟將撒昌視為“皇軍壹方的賊”，旨在消除撒昌的影響。從形式上看，戴政府派出的敖裕鎮知事Kujō Michitaka設立了壹個供所有諸侯討論政治事務的論壇，並制定了強制性的條例，從最初的集體請願組織轉變為軍事同盟。
7月，隨著9名知事從仙臺逃往秋田，秋天，弗朗西斯科脫離“奧育聯盟”，宣布“勤王”，聯盟分裂。失去執政核心的“奧育聯盟”將曾被張藝團隊推崇的皇族裏諾基宮親王法顯換成了軍方總統。扮演舊幕府角色的軍務局的設立，增強了與政府抗衡的獨立色彩。然而，該聯盟在軍事上遇到了麻煩。14年7月，幕府軍攻占新莊城，並向更北的內陸入侵秋田藩，守衛秋田的幕府佐賀軍遭遇決定性的失敗。8月底，匯金城被圍，9月初，盟軍相繼投降。只有莊內帆在秋田的戰線上取得了連勝，但大局已定，最終撤回了自己的國家。由於大後方整體實力差距太大，此戰勝負毫無懸念。然而，相當壹部分忠於幕府的頑固派逃到了更遠的北方繼續戰鬥。
8月底，幕府水師社長澄本武在德川宗嘉移師靜岡，率領舊幕府艦隊北上。自封的阪本艦隊在收編了壹部分東北諸侯和仙臺舊幕府殘余勢力後，於5438+00年6月成功驅逐了包括松前在內的夏壹帝新政府的地方勢力，於是阪本被推舉為夏壹帝舊幕府勢力的軍事會長，並投了贊成票。
5438年6月+2月，阪本請英法大臣充當聯合國調停人向新政府請願。阪本希望政府讓夏邑政權掌管集裝箱館這個國際港口，與俄羅斯形成緩沖地帶。並且為了救濟原德川家族大臣，將夏邑土地永久贈予德川家族。本來寄希望於西方列強支持的幕府軍，沒想到美國承認了明治政府的合法性，宣布函館政權為“義軍”。恰在此時，明治政府海軍從英國、美國、荷蘭購買的新型裝甲戰艦陸續交付。
但西方列強解除局外中立後，這個國家的政府陷入動蕩。明治二年(1869)五月，因局外中立而獲得美國鐵甲船“嘉鐵”號的新政府，動員諸侯圍剿政權。6月5日，政府軍的艦隊帶著5艘鐵甲艦沖進函館灣， 即鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲，鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲鐵甲 6月26日，以中島三郎太為首的德川幕府“壹郎黨”在津輕陣屋與明治政府軍展開了妳死我活的鬥爭，最後全部戰死。兩天後，6月28日，武陵國最後的殘余勢力向政府軍投降。持續了壹年零四個月的吳陳之戰，以盒亭五肋郭的覆滅而告終。至此，舊幕府陸軍和海軍全部滅亡。博宣戰爭，以及整個陳武幕戰，都以幕軍的全面勝利而告終。
壹方面，戰爭結束了日本戰國末期以來建立的德川家族的封建統治，從根本上為明治政府的長期發展奠定了完善的外部條件。另壹方面，隨著德川幕府的滅亡，舊制度體系遺留下來的問題，如今也成為明治政府和維新派的難題。首先，治外法權、海關關稅權、片面最惠國待遇等許多根本權力仍然掌握在西方列強手中，明治政府還要繼承舊幕府遺留下來的各種不平等條約。此外，幕布之戰帶來的巨大經濟損失和賠款也是明治政府急需解決的壹大問題。最後，還有日本舊制度下的封建殘余，無數的貴族官員，地方領主，封建保守派。這些保守勢力在明治政府下的日本仍有相當的實力。
為解決上述國內矛盾，“維新三傑”之壹的城戶隆吉在1869中提出“應遣朝責其無禮，若不服則為質疑之師，以大提振中國之力！”明治政府試圖將矛盾轉移到朝鮮半島，以緩解國內巨大的經濟和政治壓力。可見，即使是剛剛建立新政的明治政府，也是氣焰囂張，野心勃勃，首先瞄準了大洋彼岸的朝鮮國家。