1.在鴨場的門前設置消毒室（設有紫外燈）和消毒池（盛放消毒液），對進入鴨場的車輛和人員進行消毒。
2.廢物處理。將鴨舍周圍6米以內鴨糞、雜草、廢料及其它動物屍體等清除，送至遠離鴨舍處焚毀、深埋。
3.空鴨舍消毒。在鴨出售或轉出之後，要及時清掃鴨糞和墊料等，對鴨舍應進行徹底清掃並沖刷幹凈，水槽和食槽等用具也應進行清洗，墻壁要用石灰水消毒。然後用普通消毒液如百毒殺等噴霧消毒壹次，在進鴨前壹周，鴨舍要用福爾馬林加高錳酸鉀密閉熏蒸24小時，然後打開門窗通風。鴨舍周圍2米以內進行除草翻土，鋪墊壹層生石灰。
4.用具、設備清洗消毒。鴨舍內的食槽、飲水器、育雛加溫設備、清糞設備、消毒設備、產蛋箱等都必須在使用前進行壹次徹底消毒。方法是先用清水浸泡洗幹凈，再用0.1%的新潔爾滅或其它消毒藥液進行洗刷消毒，用清水沖洗晾幹。然後再放在鴨舍內熏蒸鴨舍的時候再熏蒸壹次。
5.使用中的鴨舍消毒。早春季節的天氣仍然寒冷，養鴨戶多數側重保溫，忽視舍內通風換氣。若只強調鴨舍保溫而忽視通風透氣，極易導致舍內空氣汙濁、病菌大量滋生。鴨生長在病菌滋生的環境裏，長時間吸入二氧化碳、氨氣等有害氣體，往往易發生大腸桿菌病、慢性呼吸道病、傳染性支氣管炎、喉炎、二氧化碳中毒等病癥，導致成活率下降。因此早春鴨場在註意保溫的同時，要逐漸增強舍內的通風換氣和清潔衛生，正確的方法應該每隔2-3小時通風10-5分鐘。最好在棚頂部開數個天窗，達到既保暖又排濁氣的目的。人進入鴨舍無不良異味感，棚內四周塑料膜上無水珠粘掛是理想的環境。還要及時清除鴨舍的糞便和墊料，使舍內由鴨糞中揮發出來的氨氣降低到最低水平。對鴨舍可用0.3%的過氧乙酸藥液帶鴨消毒。方法是每立方米空間用過氧乙酸藥液30毫升，噴灑鴨體時要避開頭部，每周壹次即可。
6.對於鴨子本身來說，壹般在冬春季節常用飲水消毒的辦法進行消毒，即在飲水中按比例加入消毒劑（如百毒殺、強力消毒靈、次氯酸鈉、威島消毒劑等），每周進行壹次即可，而對雛鴨壹般用1‰高錳酸鉀飲水（溫水）即可。
選藥
要根據消毒藥物的標識、結合自己鴨舍環境、消毒的目的、對象、疫病流行趨勢及鴨病情況，依據高效、廣譜、經濟、副作用小的原則選擇消毒藥物，並註意嚴格按照消毒藥物的使用說明調配消毒藥物，提高消毒藥的效力，達到消毒的目的。
飲水用消毒劑的選擇。飲水消毒要求所用消毒藥物對鴨只的腸道無腐蝕和刺激，壹般常選用的藥物為鹵素類，常用的有次氯酸鈉、漂白粉、二氯異氰尿酸、二氧化氯等，對雛鴨采用低濃度的高錳酸鉀飲水，也能清理小腸腸道。