用土壤註射器或土壤註射器，將藥劑直接註入土壤中，土壤表面覆蓋壹層薄膜，藥劑在密閉空間內擴散，達到殺滅病菌的目的，播種前請註意將藥劑充分散發。否則易造成虛苗，常用消毒劑如溴甲烷、粗醛等。保護地種植黃瓜設施相對固定，連續多年種植，棚室和土壤中的病原菌和蟲害數量反復積累，特別是壹些土壤田間病蟲害逐年發生，且病情逐年加重、這些病蟲害如不及時防治，將嚴重影響產品質量和產量，甚至導致絕收，因此，保護地土壤消毒是防治土壤田間病蟲害的重要措施之壹，現已被許多菜農所接受。
保護地黃瓜摘掉秧苗後，全員進行徹底清園，結合中耕施足腐蝕性有機肥後，室外溫度達到35以上時，可覆蓋地膜密閉棚室，升溫1個月左右，棚室內土壤溫度可達50～60，甚至更高、可大量殺滅土壤中的病原菌和蟲卵，有效降低土壤中的黃瓜病害該方法適用於蒸汽加熱，通過導管將蒸汽熱量輸送到土壤中，提高土壤溫度，殺滅土壤中的病原菌和蟲卵，達到防治土傳病害的目的。
用土壤註射器或土壤殺菌器將熏蒸劑註入土壤，在土壤表面覆蓋薄膜，在封閉或半封閉的設施內進行擴散，殺滅病原菌。土壤熏蒸劑要在種植前充分散發。否則很容易被削弱。常用的土壤熏蒸消毒劑包括溴甲烷和粗醛。這種方法適用於設施農業中的草莓、西瓜、蔬菜種植、苗木苗床、綠地種草等。太陽能消毒法是將大棚或大田作物收獲後的田間老茬鋪開，撒上大量有機肥，然後翻地。