（壹）制定藥品、醫療器械、化妝品和消費環節食品安全監督管理的政策、規劃並監督實施，參與起草相關法律法規和部門規章草案。
（二）負責消費環節食品衛生許可和食品安全監督管理。
（三）制定消費環節食品安全管理規範並監督實施，開展消費環節食品安全狀況調查和監測工作，發布與消費環節食品安全監管有關的信息。
（四）負責化妝品衛生許可、衛生監督管理和有關化妝品的審批工作。
（五）負責藥品、醫療器械行政監督和技術監督，負責制定藥品和醫療器械研制、生產、流通、使用方面的質量管理規範並監督實施。
（六）負責藥品、醫療器械註冊和監督管理，擬訂國家藥品、醫療器械標準並監督實施，組織開展藥品不良反應和醫療器械不良事件監測，負責藥品、醫療器械再評價和淘汰，參與制定國家基本藥物目錄，配合有關部門實施國家基本藥物制度，組織實施處方藥和非處方藥分類管理制度。
（七）負責制定中藥、民族藥監督管理規範並組織實施，擬訂中藥、民族藥質量標準，組織制定中藥材生產質量管理規範、中藥飲片炮制規範並監督實施，組織實施中藥品種保護制度。
（八）監督管理藥品、醫療器械質量安全，監督管理放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品及精神藥品，發布藥品、醫療器械質量安全信息。
（九）組織查處消費環節食品安全和藥品、醫療器械、化妝品等的研制、生產、流通、使用方面的違法行為。
（十）指導地方食品藥品有關方面的監督管理、應急、稽查和信息化建設工作。
（十壹）擬訂並完善執業藥師資格準入制度，指導監督執業藥師註冊工作。
（十二）開展與食品藥品監督管理有關的國際交流與合作。
（十三）承辦國務院及衛生部交辦的其他事項。
主要有：
辦公室(規劃財務司)
政策法規司
食品許可司
食品安全監管司
藥品註冊司（中藥民族藥監管司）
醫療器械監管司
藥品安全監管司
稽查局
人事司
國際合作司（港澳臺辦公室）
直屬機關黨委
駐局紀檢組監察局
離退休幹部司
直屬單位有：
中國藥品生物制品檢定所
國家藥典委員會
藥品審評中心
藥品認證管理中心
國家中藥品種保護審評委員會
藥品評價中心
醫療器械技術審評中心
機關服務中心
信息中心
培訓中心
執業藥師資格認證中心
中國醫藥報社
中國醫藥科技出版社
中國醫藥國際交流中心
南方醫藥經濟研究所
壹四六倉庫
中國藥學會