中藥資源顯著的地域性，決定了我國各地生產和收購的藥材種類不同，各地用藥習慣不同，經營的中藥材種類和數量也不同。全國各地生產和收購的中藥材種類各具特色，構成了中藥材區域化的格局。中國黃河以北的廣大地區以耐寒、耐旱、耐鹽堿的根莖類藥材為主，其次是果實類藥材。長江流域和我國南方廣大地區以喜溫、喜濕的種類較多，葉類、全草類、花卉類、藤本類、皮類和動物類藥材所占比例較大。我國北方各省區收購的科、屬野生藥材壹般在 200-300 種；南方各省區收購的科、屬野生藥材約在 300-400 種。東北地區栽培（培育）種以人參、鹿茸、細辛為代表，野生種以黃柏、防風、龍膽草、蟾酥為代表；華北地區栽培種以人參、黃芪、地黃、山藥、金銀花為代表，野生種以黃苓、柴胡、遠誌、知母、酸棗仁、連翹為代表；華東地區的栽培種以貝母、金銀花、延胡索、白芍、厚樸、白術、牡丹皮等為代表，野生種以蠍、蛇、夏枯草、蟾酥、柏樹等為代表；在華中地區，栽培物種以茯苓、山茱萸、辛夷、杜藿、蛇床子、枸杞等為代表，野生物種以蜈蚣、龜板、鱉甲、半夏、相思子等為代表；在華南地區，栽培物種以茯苓、山茱萸、辛夷、杜藿、蛇床子、枸杞等為代表，野生物種以蜈蚣、龜板、鱉甲、半夏、相思子等為代表；在華南地區，栽培種以砂仁、檳榔、益智仁、佛手、藿香為代表；野生種以甘草、麻黃、大黃、大戟、肉蓯蓉、鎖陽等為代表。海藥以昆布、海藻、石韋、牡蠣、海馬等為代表。各省、直轄市、自治區的主要品種。
中藥材大部分品種，在全國範圍內調劑經營，全國藥材系統每年組織藥材商品交流會。在全國交流會上交流的中藥材壹般在800壹1000種，最多可達幾千種。在全國經營的藥材品種中，常用藥材約 500 至 600 種，不常用藥材約 200 種，不常用藥材約 100 種，還有少數感冒藥。從經營規模來看，北京、天津、上海、廣州等大城市壹般為 700-800 種，中小城市壹般為 500-600 種，縣及縣以下為 300-400 種。上海是我國經營藥材品種較多的地區，據記載，多達幾千種。