1、國家醫療保障局貫徹落實黨中央關於醫療保障工作的方針政策和決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對醫療保障工作的集中統壹領導。主要職責是：擬訂醫療保險、生育保險、醫療救助等醫療保障制度的法律法規草案、政策、規劃和標準，制定部門規章並組織實施。組織制定並實施醫療保障基金監督管理辦法，建立健全醫療保障基金安全防控機制，推進醫療保障基金支付方式改革。組織制定醫療保障籌資和待遇政策，完善動態調整和區域調劑平衡機制，統籌城鄉醫療保障待遇標準，建立健全與籌資水平相適應的待遇調整機制。組織擬訂並實施長期護理保險制度改革方案。
2、組織制定城鄉統壹的藥品、醫用耗材、醫療服務項目、醫療服務設施等醫保目錄和支付標準，建立動態調整機制，制定醫保目錄準入談判規則並組織實施。組織制定藥品、醫用耗材價格和醫療服務項目、醫療服務設施收費等政策，建立醫保支付醫藥服務價格合理確定和動態調整機制，推動建立市場主導的社會醫藥服務價格形成機制，建立價格信息監測和信息發布制度。制定藥品、醫用耗材的招標采購政策並監督實施，指導藥品、醫用耗材招標采購平臺建設。
3、制定定點醫藥機構協議和支付管理辦法並組織實施，建立健全醫療保障信用評價體系和信息披露制度，監督管理納入醫保範圍內的醫療服務行為和醫療費用，依法查處醫療保障領域違法違規行為。負責醫療保障經辦管理、公***服務體系和信息化建設。組織制定和完善異地就醫管理和費用結算政策。建立健全醫療保障關系轉移接續制度。開展醫療保障領域國際合作交流。完成黨中央、國務院交辦的其他任務。
4、職能轉變。國家醫療保障局應完善統壹的城鄉居民基本醫療保險制度和大病保險制度，建立健全覆蓋全民、城鄉統籌的多層次醫療保障體系，不斷提高醫療保障水平，確保醫保資金合理使用、安全可控，推進醫療、醫保、醫藥“三醫聯動”改革，更好保障人民群眾就醫需求、減輕醫藥費用負擔。與國家衛生健康委員會的有關職責分工。國家衛生健康委員會、國家醫療保障局等部門在醫療、醫保、醫藥等方面加強制度、政策銜接，建立溝通協商機制，協同推進改革，提高醫療資源使用效率和醫療保障水平。