中藥專利保護與中藥品種保護的目的都是對中藥技術成果給予合法性的保護，以促進中藥事業的發展，在這壹點上二者是統壹的，現就二者的區別介紹如下： 1.兩者保護的法律效力不同：專利保護的法律依托是《中華人民***和國專利法》，屬於全國人大常委會正式通過的國家法律，其保護方式是由專利局授予專利保護範圍，通過訴訟程序由法院判定是否侵權，並由法院執行對侵權者的制裁；中藥品種保護的依據是國務院制定的《中藥品種保護條例》，屬於國家法規，其保護方式是由國家衛生行政部門監督管理（現已改由國家藥品監督管理局，以下同），采取行政保護措施。在法律效力上前者大於後者。也就是說，根據法律與法規矛盾時，法規服從於法律的原則，對同壹種中藥品種，如果兩者保護的權益人出現不同時，在法律效力上後者服從於前者。鑒於此原因，《中藥品種保護條例》第二條第二款規定：“申請專利的中藥品種，依照專利法的規定辦理，不適用本條例”。 2.被保護者的權利性質不同：專利權屬於知識產權的範疇。所謂知識產權是國際上廣泛承認的壹種特殊的、無形的財產所有權，包括工業產權和版權，工業產權又包括專利權和商標所有權。知識產權在法律概念上具有專有權和財產權的特征。專利保護就是通過對專利申請人授予專利權的形式給予保護，專利權人享有該專利技術的獨占權，即專利權人有獨占使用其專利權的權利，並有限制或許可他人使用其專利權的權利。也說是說，決定是自己獨家生產其專利藥品，還是許可其他廠家生產以及許可其他幾家生產的權利人是專利權人自身，如果未經專利權人許可而使用其專利技術構成侵權行為，專利權人有權制止侵權行為，並有權要求侵權者賠償其經濟損失；而中藥品種保護屬於對特定生產企業所生產中藥品種的壹種行政保護措施，不具有法律上的專有權和財產權特征，即對於中藥品種保護來說，同壹保護品種受益人不只是壹家，它可以同時是兩家以上的生產企業，決定保護幾家生產企業同時生產同壹產品的權利人不是《中藥保護品種證書》的持有者，也就是說，《中藥保護品種證書》持有者的權利是非獨占性的，並且，對擅自仿制中藥保護品種的處罰權歸衛生行政部門所有，《中藥保護品種證書》持有者不具有要求賠償其經濟損失的權利。專利權由於具有財產權的特性，與普通財產所有權人壹樣，專利權人有權決定他所擁有的專利權的命運，諸如轉讓、贈與、放棄等，這就是財產所有權人在法律概念上的處分權。因此專利權可以進入商品流通領域進行自由買賣，專利權人有權決定是否通過部分或全部轉讓，獲得經濟利益；而《中藥保護品種證書》持有者的權利是不能自由進入商品流通領域進行買賣和轉讓的，只有對臨床用藥緊缺的中藥保護品種，根據國家中藥生產經營主管部門提出的仿制建議，經國務院衛生行政部門批準，《中藥保護品種證書》持有者才可以收取合理的使用費，並且其使用費數額雙方協商不能達成協議時，由衛生行政部門裁決。也就是說，《中藥保護品種證書》持有者對這種使用費的收取是有條件的、非自主性的。 3.兩者保護的客體範圍不同：專利保護的客體包括了中藥復方、單方制劑，中藥提取物及其制劑，中藥的制備方法或加工工藝，中藥的新用途，而且，專利保護的藥物產品可以是正式批準的藥物品種，也可以是正在研制中的未上市的藥物；中藥品種保護的客體只是列入國家藥品標準和國務院衛生行政部門認定的列入省、自治區、直轄市藥品標準的藥物產品。（《中藥品種條例》第二條規定“本條例適用於中國境內生產制造的中藥品種，包括中成藥、天然藥物的提取物及其制劑和中藥人工制成品。”） 4.兩者保護的期限不同：藥品專利保護的期限統壹為二十年；中藥品保護的期限不是統壹的，中藥壹級保護品種分別為三十年、二十年、十年，中藥二級保護品種為七年。
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