在燃燒軍團入侵灰谷期間，伊利丹結束了他在地牢中被囚禁的近萬年。他盡力讓夥伴安心，但很快就原形畢露，吸收了壹個強大的術士神器“古爾丹頭骨”的能量。在完成吸收後，伊利丹變成了壹個擁有惡魔外表和強大力量的生物，他也獲得了壹些關於古爾丹的記憶，尤其是關於薩格拉斯之墓，傳說中的壹個島上的地牢，那裏埋葬著黑暗泰坦·薩格拉斯的遺骸。
重獲力量和自由的伊利丹渴望證明自己的價值。然而，他遇到了基爾加丹，惡魔向他提出了不可抗拒的求婚。基爾加丹對阿克蒙德在海加爾山的失敗非常生氣，但他有比復仇更重要的事情要做。意識到他的傑作巫妖王已經強大到無法控制，基爾賈丹命令伊利丹終結耐奧祖，永遠消滅亡靈天災的力量。作為交換，伊利丹將獲得巨大的力量，並在燃燒軍團的領袖中占有壹席之地。
伊利丹同意了這個計劃，並立即開始準備摧毀囚禁巫妖王靈魂的冰晶塊:冰封王座。伊利丹知道他需要壹件強大的神器來摧毀冰封王座，所以他打算利用從古爾丹的記憶中獲得的知識來找到薩格拉斯之墓並得到黑暗泰坦的遺物。他從黑暗的深海巢穴中召喚出那些蛇形的娜迦。在狡猾的首領瓦辛的帶領下，娜迦幫助伊利丹找到了傳說中的薩格拉斯之墓所在的破島。
在伊利丹和娜迦出發的同時，典獄長瑪維·影歌也開始追捕他。瑪維作為伊利丹的守護者已經有壹萬年了，她相信她可以奪回伊利丹。然而，狡猾的伊利丹讓瑪維和哨兵們的努力化為烏有，並成功偷走了薩格拉斯之眼。伊利丹帶著這件強大的神器來到了達拉然，這座神奇的城市。城市中的能量裝置加強了伊利丹的力量，他開始使用薩格拉斯之眼對遙遠的諾森德大陸上的巫妖王施展毀滅性的法術。伊利丹的魔法粉碎了巫妖王的防禦，劈開了世界屋脊。在最後壹刻，這個毀滅性的咒語被前來支援瑪維的瑪法裏奧和女祭司泰蘭德阻止了。
伊利丹非常清楚基爾加丹絕不會放棄失敗，於是逃到了荒涼的外域，那裏是德拉諾的殘部，曾經是獸人的家園。伊利丹決定躲在這裏，計劃下壹步行動。在成功阻止伊利丹後，瑪法裏奧和泰蘭德回到了他們在灰谷的家去照顧他們的人民。然而，瑪維並不打算就此罷休。她跟隨伊利丹來到了外域，並下定決心帶他回去接受審判。
此時，亡靈天災已經將洛丹倫和奎爾薩拉斯徹底變成了充滿毒疫的地方。只有少數小規模的聯盟抵抗力量還活著。其中壹個組織主要由高等精靈組成，他們的首領是日神王朝的最後壹名成員，凱爾薩斯王子。作為壹名優秀的法師，凱爾小心翼翼地在幾近毀滅的聯盟中成長。高等精靈對他們家園的陷落感到非常難過。為了向死去的同胞致敬，他們改名為血精靈。當血精靈奮力遏制不死天災的進攻時，他們因為離開了力量之源——太陽之井而遭受了巨大的痛苦。為了緩解手下與生俱來的對魔法的渴求，凱爾做了壹件難以想象的事情:他接受了他們高等精靈祖先的幫助，加入了伊利丹和他的納迦軍隊，希望找到新的魔法力量來源。剩下的聯盟領袖譴責血精靈是叛徒，並永遠驅逐他們。
絕望的凱爾和他的血精靈不得不跟隨伊利丹來到外域，幫助他對付典獄長瑪維。瑪維曾俘虜過伊利丹，但被血精靈和娜迦打敗，伊利丹再次獲得了解放。伊利丹以外域為基地，集結力量對巫妖王和他的冰冠堡壘發起新壹輪的攻擊。
巫妖王尼祿·祖知道他的時間不多了。被囚禁在冰封王座中的他懷疑基爾賈丹會派手下來毀滅自己。伊利丹的咒語破壞了冰封王座，巫妖王的力量壹天天喪失。所以急於保護自己的奈拉祖召喚了他最強大的人，死亡騎士阿爾薩斯到他身邊。
阿爾薩斯的力量隨著巫妖王的衰弱逐漸喪失，在洛丹倫陷入內戰。女妖希瓦娜斯·風行者帶領壹半的不死族軍隊發動政變推翻了阿爾薩斯的統治。就在戰鬥傳遍瘟疫的時候，阿爾薩斯被巫妖王召喚，領導權交給了他的副官克爾蘇加德。
最終，希爾瓦娜斯·風行者和她的亡靈叛軍(他們被稱為被遺忘者)將洛丹倫首都的廢墟據為己有。被遺忘的人們在首都的廢墟下建立了自己的基地，他們發誓要戰勝天災，把克爾蘇加德和他的仆人們趕出大陸。
虛弱的阿爾薩斯決定營救他的主人。當他到達諾森德時，他發現伊利丹的血精靈和娜迦已經在他之前到達了那裏。因此，阿爾薩斯和他的蜘蛛俠不得不和伊利丹的部隊爭奪時間。他想先到達冰冠冰川，保護冰封王座。
即使在如此弱小的情況下，阿爾薩斯最終還是靠策略擊敗了伊利丹，率先到達了冰封王座。阿爾薩斯用他的魔劍霜之哀傷打碎了囚禁巫妖王的冰牢，得到了耐奧祖的靈魂附體頭盔和胸甲。阿爾薩斯在頭上戴上了擁有無盡力量的頭盔，成為了新的巫妖王。正如奈拉祖壹直計劃的那樣，他和阿爾薩斯的靈魂融合成了壹個強大的生物。伊利丹和他的軍隊被迫恥辱地逃到了外域，阿爾薩斯成為了世界上最強大的生物之壹。
現在阿爾薩斯，作為新的不朽巫妖王，占據了諾森德。據說他正在那裏重建冰冠城堡，他信任的副官克爾蘇加德負責瘟疫之地的天災部隊。希爾瓦娜斯·風行者和她的叛軍亡靈部隊只控制了提瑞斯法林地，這只是飽受戰爭蹂躪的洛丹倫王國的壹小部分。
盡管戰爭勝利了，艾澤拉斯的所有種族都發現他們的世界早已被戰爭摧毀。亡靈天災和燃燒軍團毀滅了洛丹倫的文明，卡利姆多也遭受了幾乎相同的命運。有創傷的森林有待愈合，無盡的仇恨有待忘卻，人們需要新的家園來安頓下來。戰爭對每個種族打擊都很大，但他們無私合作，想要創造壹個新的開始。這壹切都始於聯盟和部落之間來之不易的休戰。
薩爾帶領獸人來到卡利姆多，他們在牛頭人的幫助下建立了新的家園。獸人以薩爾遇刺的父親命名這個新國家為杜隆坦。他們定居下來，試圖重建他們曾經輝煌的文明。現在惡魔的詛咒已經結束，部落從好戰的狂熱勢力變成了松散的聯盟，生存和繁榮是他們的首要任務。在高貴的牛頭人和狡猾的暗矛部落巨魔的幫助下，薩爾和他的獸人期待著壹個和平的新時代。
吉安娜·普羅德摩爾殘余的聯盟部隊定居在南卡利姆多。他們在東海岸的塵泥沼澤附近建立了壹個簡陋的港口城市薩拉莫。人類和矮人聯手在這片危險的土地上生存。雖然獨龍族和薩拉莫族的防禦力量暫時停止了相互之間的戰鬥，但是這個脆弱的殖民地的和平並不意味著最終的和平。
人類和獸人之間的和平被壹支抵達卡利姆多的龐大聯盟艦隊破壞了。戴林·普羅德摩爾上將(吉安娜的父親)率領艦隊在阿爾薩斯摧毀洛丹倫之前離開了它。數月的海上航行令人疲憊不堪，但普羅德摩爾仍在尋找他能找到的所有聯盟幸存者。
普羅德摩爾海軍上將的艦隊對該地區的穩定構成了嚴重威脅。作為第二次世界大戰中著名的英雄，吉安娜的父親是部落的死敵，他決心在獸人站穩腳跟之前摧毀杜隆坦。
普羅德摩爾迫使吉安娜做出艱難的選擇:支持他對抗獸人並背叛她的新聯盟，還是與她的生父戰鬥以維持聯盟和部落之間來之不易的脆弱和平。經過壹番思想鬥爭，吉安娜選擇了後者，她幫助薩爾打敗了她瘋狂的父親。不幸的是，大海