當前，人民群眾對食品安全問題高度關註，對食品的安全性和有效性也提出更高要求。現行食品安全監督管理體制，既有重復監管，又有監管“盲點”，不利於責任落實。藥品監督管理能力也需要加強。為進壹步提高食品藥品監督管理水平，有必要推進有關機構和職責整合，對食品藥品實行統壹監督管理。
方案提出，將食品安全辦的職責、食品藥品監管局的職責、質檢總局的生產環節食品安全監督管理職責、工商總局的流通環節食品安全監督管理職責整合，組建國家食品藥品監督管理總局。主要職責是，對生產、流通、消費環節的食品安全和藥品的安全性、有效性實施統壹監督管理等。將工商行政管理、質量技術監督部門相應的食品安全監督管理隊伍和檢驗檢測機構劃轉食品藥品監督管理部門。
為做好食品安全監督管理銜接，明確責任，方案提出，新組國家食品藥品監督管理總局負責食品安全風險評估和食品安全標準制定。農業部負責農產品質量安全監督管理。將商務部的生豬定點屠宰監督管理職責劃入農業部。
方案的說明指出，改革後，食品藥品監督管理部門要轉變管理理念，創新管理方式，充分發揮市場機制、行業自律和社會監督作用，建立讓生產經營者真正成為食品藥品安全第壹責任人的有效機制，充實加強基層監管力量，切實落實監管責任，不斷提高食品藥品安全質量水平。
關於食品藥品監督管理局是采用屬地管理還是垂直管理的問題，還不確定，但是必定能打破食品安全監管多龍治水的局面。2008年11月10日，國務院辦公廳下發《關於調整省級以下食品藥品監督管理體制有關問題的通知》，撤銷食品藥品監督管理機構省級以下的垂直管理，改為由地方政府分級管理。 由此加強了地方對於食品藥品監督管理的各部門協調，強調了地方對於食品藥品監督管理的責任。並且國務院將從六個方面促進國務院機構轉變職能，充分發揮中央和地方兩個積極性，通過下放投資審批事項、下放生產經營活動審批事項、減少專項轉移支付等措施，更好地發揮地方政府貼近基層、就近管理的優勢。所以管理機制需要等待綜合設置部門內設機構，嚴格控制人員編制和領導職數完畢後，才見分曉。