區別壹：涉及的對象不同
報關涉及的對象可分為進出境的運輸工具和貨物、物品兩大類。由於性質不同，其報關程序各異。運輸工具如船舶、飛機等通常應由船長、機長簽署到達、離境報關單，交驗載貨清單、空運、海運單等單證向海關申報，作為海關對裝卸貨物和上下旅客實施監管的依據。
報檢涉及的對象指出口前產品的生產、經營部門或進口商品的收貨、用貨或代理核運部門按照《進出口商品檢驗法實施條例》的規定，向商檢機構申請辦理檢驗、鑒定手續。
區別二：出現的順序存在先後
壹般來說，報檢是先於報關的，只有在商檢部門檢驗完畢，確認無誤之後，海關才會接受報關申請，而之後，才是審單征稅放行等措施。當然，在實際的工作中，並不是所有的出口商品都需要經過報檢，壹般只有國家規定的壹些需要報檢的商品才必須要經過報檢，但是所有的進出口商品卻都是需要報關的。
壹般情況下，先報檢完成，在商檢部門確認無誤後，海關才會接受貨主的報關申請，然後才是壹系列的審單、放行等環節。但在實際應用時，不是所有的貨物都需要報檢，只有壹些國家明確規定的貨物才必須進行報檢，但所有進出口的貨物都必須報關，這點是毋庸置疑的。
區別三：單位不同
報關單位是指在海關註冊登記或經海關批準，向海關辦理進出口貨物報關納稅等海關事務的境內法人或其他組織。
中國《海關法》規定：“進出口貨物收發貨人、報關企業辦理報關手續，必須依法經海關註冊登記。報關人員必須依法取得報關資格。未依法經海關註冊登記的企業和未依法取得報關從業資格的人員，不得從事報關業務”。
報檢單位是商檢機構，向商檢機構申請辦理檢驗、鑒定手續，報驗人辦理報驗時要填制“報驗申請單”，並提交買賣合同、信用證、往來函電等有關資料。
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