朱砂是中藥中的鎮靜劑，味甘，微寒。有毒，心經。其功效是清心安神，解毒。常用於治療焦慮、心悸、失眠、驚厥、癲癇、瘡腫、咽喉腫痛、口舌生瘡等。因此，在壹些治療心腦血管疾病的中成藥中也被廣泛使用。由於汞與人體蛋白質中的巰基有特殊的親和力，在高濃度下，可抑制多種酶的活性，引起代謝紊亂，直接損害中樞神經系統，或肝、腎等器官，引起急性或慢性汞中毒事件，使患者中樞神經系統受損，肝腎功能異常，出現少尿或尿閉、水腫，甚至昏迷抽搐、血壓下降或腎功能衰竭，從而引起患者死亡。因此，這些藥物在臨床治療中存在很大的風險，尤其是對老年人。由於機體的特殊性，在服用這些藥物的過程中，需要嚴格把握各種藥物相互作用可能造成的危害。
目前臨床應用的含朱砂的中成藥有89種，大多具有清熱解毒、消腫定鎮、安神定誌等功效。，用於發熱、高熱、頭暈、失眠、健忘、心悸、不安，其中兒童用39種。外用藥13種，具有清熱解毒、化瘀消腫止痛的作用，用於目赤腫痛、熱毒蘊結，其中小兒用藥3種。
從目前含朱砂中成藥的應用來看，除了安宮牛黃丸或安宮牛黃散具有鎮驚開竅的作用，作為搶救藥短期使用外，其他如人參再造丸、再造丸等用於治療中風後偏癱。蘇合香丸和心腦精片分別用於治療冠心病和高血壓，均屬於長期治療。但這類藥物的治療時間和可能累積中毒的時間對人體的危害更大。由於人體自身遺傳和各種因素的影響，無機汞和甲基汞的吸收量不同，藥物中毒的時限也有很大差異。人體腸道為無機汞轉化為甲基汞提供了極好的環境，甲基汞與患者胃腸道的消化功能、飲食和使用的藥物密切相關。人體腸道本身就有大量甲烷氣體，為汞甲基化提供了有利條件。當患者服用含硫或含甲基的藥物或食物時，可加速汞甲基化過程，增加體內對汞的吸收，加重汞中毒過程。在壹定條件下，如安宮牛黃丸、十香會等，由於汞的半衰期較長，在體內清除需要較長時間，直接影響了此類藥物在臨床治療中的安全性。
朱砂中汞的半衰期在人腦中為240天，在其他器官中為70天。當人體內汞的累積量達到100mg時，超過人體的耐受量，引起中毒。相關研究表明，1 14天組患者不良反應發生率無顯著差異，但14 35天組患者不良反應發生率隨用藥時間延長而增加。因此，對於壹般患者，建議連續服用朱砂及其制劑的時間不超過2周；對於中風偏癱患者，可每兩周使用壹個療程，停藥期間可依次使用其他藥物治療。另外，由於朱砂在人體內半衰期較長，為了優生優育，不建議孕婦服用含朱砂的中成藥。
附:含朱砂的中成藥
內服:八寶俞術丸、八寶金精丸、保嬰散、保元丸、丁鑫丸、八厘散、安宮牛黃丸、安腦牛黃丸、安腦片、安神補氣丸、安神溫膽丸、安神益腦丸、百益真鏡丸、白子養心片、寶安萬靈丹、保赤散、保赤益筋散、鮑彤化痰丸等。癲狂龍虎丸、癲癇丸、定除化風丸、丁鑫丸、小兒氣滯丸、二異丸、龍飛多明丸、復方蟾酥丸、復方蘆薈膠囊、復方蛇粉、陳皮粉、韓國清心丸、高血壓速滴丸、耿毅膠囊、固腎補氣散、瓜雙退熱靈膠囊、瓜子片、廣靈散、和胃降逆膠囊。加味蛇膽陳皮片、解表追風丸、清熱鎮驚丸、舒潔丸、九龍化風丸、九精散、利心丸、朱零散、龍腦安神丸、脈絡通片、妙齡丸、腦塞通丸、牛黃千金散、牛黃清熱膠囊、普濟回春丸、七厘散、芪珍丸、甘金散、通奇丸。
外用:八寶步雲、八寶散、八寶滴眼液、八寶烏丹藥墨、避蟲散、冰硼散、八雲滴眼液、蟾酥、鵝毛管滴眼液、小兒七厘散、復方爐甘石散外用、賽莫安霜、蛇傷解毒片(內服或外用)。