我國電子商務在藥品購銷中的應用，大部分體現為B2B模式，具體有以下幾方面：
1.企業信息化模式
仿照歐美發達國家，以企業信息化建設為手段，分階段地發展，高度信息化後再開展中國醫藥流通領域的電子交易市場。
鑒於我國醫藥企業的管理水平和我國的市場經濟狀況及醫療衛生體制，以企業信息化為支撐的企業間電子商務模式要在短期內實現是不可能的，必須分階段逐步實施。壹般要經過：醫藥企業信息化的準備階段；建立醫藥企業內部壹體化的集成管理系統和內部網絡；建立醫藥企業的電子商務應用系統，完全實現醫藥企業的信息化和電子商務三個階段。企業電子商務應用是在建立了完善的企業內部網和實現了與互聯網之間的安全聯接後，在這個基礎上，再增加電子商務應用系統，進行電子商務交易。
這壹模式的特點是發展穩步，與國家信息化發展同步，但費用高昂制約因素多，發展速度緩慢。
2.行業聯盟交易所模式
行業聯盟交易所是由本行業中壹些大企業***同協作構建組成的超級電子市場，它把各自的供應商和客戶集中起來，從而大大地提高了各企業的經營效率。2005年4月，由五大醫藥商業公司發起成立的“中國醫藥商業經濟聯盟”正式宣布成立。“聯盟”分布在我國京、津、滬、渝、穗5大中心城市.都是區域性醫藥商業的龍頭企業。作為迄今為止中國醫藥行業最重量級的聯盟。如果各企業能利用已有的B2B平臺組建行業聯盟交易所.無疑會成為規範新興的藥品電子商務和互為我國醫藥B2B領域內的壹股重要力量。
3.跨越式第三方電子交易市場模式
這壹模式要點是中國醫藥行業電子商務可以走跨越式的發展，即中國醫藥行業企業不需要模仿西方醫藥行業，在逐步完善企業、醫院、醫藥流通企業信息化的道路上的電子商務模式，而可以通過完備的第三方電子服務商進行跨越式的發展。醫藥企業、醫藥經銷商、醫院、政府部門可以在第三方提供的電子交易平臺上進行完整的交易和行業監管。