能引起人和動物疾病的微生物稱為病原微生物，有八大類:
1，真菌:引起皮膚病。深層組織感染。
2、放線菌:皮膚、傷口感染。
3、螺旋體:皮膚病、血液感染如梅毒、鉤端螺旋體病。
4、細菌:皮膚病化膿、上呼吸道感染、尿路感染、食物中毒、敗血癥、急性傳染病等。
5.立克次體:斑疹傷寒等。
6.衣原體:沙眼、泌尿生殖道感染。
7.病毒:肝炎、日本腦炎、麻疹、艾滋病等。
8.支原體:肺炎、尿路感染。
生物界有成千上萬種微生物，大部分對人類有益，只有少數能致病。有些微生物通常不致病，但在壹定情況下能引起感染，稱為條件致病菌。它能引起食物變質腐敗，也正是因為它們分解自然物，自然界的物質循環才能完成。
微生物對人類最重要的影響之壹就是傳染病的流行。人類50%的疾病是由病毒引起的。根據世界衛生組織公布的數據，傳染病的發病率和死亡率居所有疾病之首。微生物引發人類疾病的歷史，也是人類與之鬥爭的歷史。在疾病的預防和治療方面，人類已經取得了很大的進步，但新的和再現的微生物感染不斷發生，如大量的病毒性疾病壹直缺乏有效的治療藥物。有些疾病的發病機制還不清楚。大量廣譜抗生素的濫用造成了強大的選擇壓力，使許多菌株發生變異，產生耐藥性，對人類健康造成新的威脅。有些節段病毒可以通過重組或重排發生變異，最典型的例子就是流感病毒。每次疫情流感發生時，流感病毒都會從上次導致感染的毒株變異而來。這種快速突變給疫苗的設計和治療造成了很大的障礙。耐藥結核桿菌的出現，使得原本幾乎得到控制的結核病感染在全球範圍內肆虐。
微生物有很多種，其中壹些是腐敗的，即引起食物氣味和組織結構的不良變化。當然，有些微生物是有益的。它們可以用來生產奶酪、面包、泡菜、啤酒和葡萄酒。微生物非常小，必須用顯微鏡放大才能看到。比如中等大小的細菌，1000就只有壹個句號那麽大。想象壹滴牛奶，每毫升腐爛的牛奶中大約有5000萬個細菌，或者說每誇脫牛奶中細菌總數大約是50億個。也就是壹滴牛奶可能含有50億個細菌。
微生物會致病，會引起食物、布匹、皮革等發黴腐爛，但微生物也有有益的壹面。正是弗萊明首次從抑制其他細菌生長的青黴菌中發現青黴素，這是醫學領域劃時代的發現。後來從放線菌的代謝產物中篩選出大量抗生素。抗生素的使用在第二次世界大戰中拯救了無數的生命。壹些微生物被廣泛用於工業發酵生產乙醇、食品和各種酶制劑。壹些微生物可以降解塑料，處理廢水和廢氣等。，並具有巨大的可再生資源潛力，被稱為環境微生物；還有壹些微生物可以在高溫、低溫、高鹽、高堿、高輻射等極端環境下生存，還有壹些微生物依然存在。看似發現了很多微生物，但實際上由於培養方法等技術手段的限制，人類今天發現的微生物只占自然界現存微生物的壹小部分。
微生物之間的相互作用機制也相當神秘。比如健康人的腸道內存在大量的細菌，稱為正常菌群，包括上百種細菌。在腸道環境中，這些細菌相互依存，互惠互利。食物、有毒物質甚至藥物的分解和吸收，菌群在這些過程中的作用，以及細菌之間的相互作用機制，都還是未知的。壹旦菌群失衡，就會引起腹瀉。
隨著醫學研究進入分子水平，人們對基因、遺傳物質等專業術語越來越熟悉。公認遺傳信息決定了生物體的生命特征，包括外部形態和生命活動，而生物體的基因組就是這些遺傳信息的載體。因此，弄清生物體基因組所攜帶的遺傳信息，將對揭示生命的起源和奧秘有很大幫助。從分子水平上研究微生物病原體的變異、毒力和致病性是對傳統微生物學的壹次革命。