腦中風恢復期和後遺癥期最好的治療方法應該是以現代中藥為主，取材於大復方的地道藥材。中藥的優點是無耐藥性，療效持久，長期服用安全，缺點是質量不穩定，用量大。
(1)活血化瘀療法:是臨床廣泛應用的中醫療法，活血化瘀法獲國家科技進步壹等獎。具有抗動脈硬化、抗血栓形成、增加腦血流量、有利於梗死竈周圍血腫和水腫的吸收、改善臨床癥狀的作用。不適合急性治療，主要是治本。
(2)芳香開竅法:擅長疏通經絡、理氣活血，對中風引起的頭痛、肢體疼痛等臨床療效明顯。芳香中藥(如麝香)能透過血腦屏障直達病竈，起效快，療效確切。
(3)活血化瘀與芳香開竅雙重療法:這種治療方法是公認的中醫臨床治療方法。應用該方法的中成藥可同時作用於腦中風的整體病因，包括血液病變和血管病變，利用方劑中數百種動物、植物、芳香類藥物的有效成分的配伍和協同作用，達到增效、減毒、耐藥等多靶點治療效果。具有抑制血小板聚集、高效抗凝、降低血漿粘度和血漿脂質過氧化物的作用，使血液中的脂質物質不易在動脈中堆積形成血栓；還能加速清除氧自由基，有效清除生成的動脈壁上的脂質物質，防止動脈粥樣硬化的形成，為腦組織創造良好的內環境；同時能增加動脈血流量，提高腦組織耐缺氧能力，保護血管壁內皮細胞，防止血栓形成；恢復腦神經系統，改善由其控制的運動、語言等神經系統體征，達到綜合治療中風病因的目的。
西醫治療
西醫治療中風的靶點單壹，包括阿司匹林在內的大部分西藥都有不同程度的耐藥性，而大部分西藥都有明顯的副作用，對胃腸道、肝臟、腎臟都有不同程度的損害。所以西藥主要用於中風急性發作期，恢復期和二級預防期不宜長期使用。
(1)抗血小板聚集:優點是可以抑制血小板聚集，從而防止血液凝固，從而預防中風。美國試驗結果表明，阿司匹林可使首次卒中發病率降低24%，是防治腦梗死最基本的藥物之壹。缺點是47%的阿司匹林使用者會產生耐藥性，長期服用會導致腦部和胃部出血的風險。代表產品:阿司匹林、氯吡格雷
(2)鈣拮抗劑:優點是成分純，療效好，見效快；缺點是急性應用可能會造成“偷血”，導致癥狀加重。長期應用對需要長期服藥預防中風復發的中老年患者有壹定的副作用。代表產品:尼莫地平
中西醫結合治療
最好的藥物治療中風的方法應該包括合理使用中藥和西藥。西藥見效快，療效強，但副作用大，有耐藥性。對於中老年腦卒中患者，西藥對肝腎的損害應在劑量和服用時間上降低到合理的水平。中藥見效慢，但復方大、材料地道的雙效現代中藥具有長期服用性強、耐藥性強、安全無毒等優點，非常適合中老年中風患者長期服用。對於恢復期腦卒中患者，如果以具有活血化瘀、開竅通絡雙重功效的中藥為主，輔以壹到兩種針對性治療的西藥，可以達到標本兼治的治療目的，在降低腦卒中高復發率的同時，安全、持久、有針對性地改善腦卒中癥狀。
水蛭素療法的應用
中風後遺癥的病因主要是由於腦血管意外後腦組織缺血或血腫壓迫、通過、腦水腫，損害腦組織功能。急性期後偏癱逐漸變為痙攣性，上肢屈曲內收，下肢伸直，腱反射亢進，運動能力可恢復。因此，患者不僅要積極到醫院進行藥物治療，還要重視中風後遺癥的飲食治療，以加快緩解病情的步伐。
中醫認為中風後遺癥主要是氣虛血瘀、脈絡瘀阻、風痰阻絡，或肝腎不足、精血不足、筋骨失養所致。
水蛭素是從醫用水蛭的唾液腺中分離純化的單鏈環肽分泌物，是壹種強的凝血酶特異性抑制劑，能抑制動脈內膜增厚，擴大管腔直徑。水蛭素還具有抗血栓形成、抑制血小板聚集、降低紅細胞壓積、降低血漿纖維蛋白原含量和改善血液流變學的作用。水蛭素能抑制血脂的升高和脂質在組織中的沈積，具有明顯的抗動脈粥樣硬化作用。大量科學實驗證明，“水蛭素”不僅對人體表面形成的瘀血栓塞有特異的溶解分解作用，而且經胃腸道攝入後能以單分子形式被吸收，形成對瘀血栓塞有特異溶解分解作用的壹定血藥濃度。更特別的是，“水蛭素”由於分子量小，可以穿透人體的血腦屏障，因此對壹般藥物難以達到的腦血管瘀血栓塞也有特異的溶解分解作用。