首先，藥物治療
1，根據病因:
(1)慢性胃炎:
(1)根除幽門螺桿菌，建議聯合方案為含鉍四聯方案，即1 PPI+2抗生素和1鉍，療程為10 ~ 14天。
(2)復方谷氨酰胺和多潘立酮可保護胃十二指腸反流，改善胃腸動力。
(3)胃黏膜缺乏營養因子，應補充多種維生素。惡性貧血患者需要終身註射維生素B12。
(2)慢性腸炎:
(1)細菌感染，使用抗生素如頭孢菌素、喹諾酮類、紅黴素、慶大黴素、黃連素等。
(2)寄生蟲感染，使用吡喹酮。
(3)真菌感染，使用制黴菌素和兩性黴素。
2.根據癥狀:
(1)慢性胃炎:可用奧美拉唑、雷尼替丁等藥物適度抑制或中和胃酸，促動力藥或酶制劑可緩解動力不足或消化酶引起的腹脹等癥狀。粘膜保護劑可以幫助緩解腹痛和胃酸倒流等癥狀。
(2)慢性腸炎:排便不盡等癥狀可用馬來酸曲美布汀等藥物治療；對於腹瀉和糊狀大便，可給予雙歧桿菌四聯活菌片等活菌制劑和痛瀉寧、腸胃康分散片等中成藥進行調節。
第二，手術治療
慢性萎縮性胃炎伴重度不典型增生可考慮手術治療。有胃出血、胃穿孔等並發癥的慢性胃炎患者需要手術治療。有腸梗阻和腸穿孔的慢性腸炎患者需要手術治療。慢性腸胃炎消化道大出血需要手術。
第三，其他治療
1.對於嘔吐、腹瀉引起的水電解質紊亂，輕者可口服補液鹽，重者可靜脈補充水分。
2、治療原發病，去除病因，如胃腸動力異常引起的慢性胃炎，可通過促進胃腸動力來緩解。
3.根據病情排除誘發因素，如停藥、戒酒、停止接觸有毒物質等。