兒童皰疹性咽峽炎的治療是抗病毒和對癥治療。可內服秦嵐口服液、蒲地藍口服液等中成藥，清熱解毒。如果體溫超過38.5度，可口服布洛芬或對乙酰氨基酚退熱，可用鹽水漱口或噴喉。如果口腔內有黃色分泌物和黃色痰，可以考慮合並細菌感染。此時使用頭孢類抗生素或青黴素類抗生素。飲食清淡，多吃蔬菜水果。
當小兒出現皰疹性咽峽炎癥狀時，小兒也會出現發熱、乏力、不愛進食等癥狀，因此可以有針對性地使用退熱藥物。同時，生病期間要註意勤通風，保持口腔清潔衛生。還要註意勞逸結合，避免過度勞累。應該以清淡易消化的食物為主，避免刺激性食物。