壹、滴眼藥水：是治療結膜炎最根本的給藥途徑，對於微生物性結膜炎，應該選用敏感的抗細菌或者抗病毒眼藥水，必要時可以根據病原體和藥敏試驗結果選擇有效藥物進行治療。
二、眼藥膏塗眼：眼藥膏可作為眼藥水的補充制劑，眼藥膏可在夜間發揮持續性的治療作用。
三、沖洗結膜囊：當結膜囊分泌物較多時，可以給予生理鹽水或者硼酸溶液清洗。
四、全身治療：嚴重的結膜炎，如淋球菌性結膜炎或者衣原體性結膜炎，還需要全身使用抗生素藥物治療。