水牛和黃牛的區別要從科屬、外觀、體型、遊泳能力、生活環境這五方面來區分。
1、科屬
水牛是水牛屬水牛種的，而黃牛則是牛屬牛種的。二者同科，說明二者有壹定的親緣關系，但由於二者不同屬也不同種，因而還是有差異的，不能將二者混同。
2、外觀
從外觀比較水牛和黃牛，二者也有壹些差異。比如它們的顏色就是不同的，水牛的顏色偏暗，有些完全是黑色的，還有壹些是灰黑或者棕色等；而黃牛的顏色則是黃色的。再比如它們頭上的角也是不同的，水牛的角很細很長，而且形狀顯得比較彎曲；但黃牛的角則比較短，而且也並不彎曲。
3、體型
水牛和黃牛的體型也並不壹樣。水牛的體型比較大，它們的身體長度壹般在2.4-3米之間；黃牛的體型比較小，它們的體長範圍則壹般在1.5-2.5米之間。
4、遊泳能力
水牛的名字中帶有“水”，是因為它們可以在水中遊動，可以在水中活動，但黃牛則不喜歡水。
5、生活環境
由於水牛具有在水中遊動的能力，所以它們有時候會到水中生活；但黃牛則壹般生活在陸地上的，壹般不到水中活動。
水牛和黃牛不能雜交
水牛和黃牛之間有生殖隔離。別看水牛和黃牛都是牛，可是它們卻是同科不同屬的動物，其中水牛是牛科牛亞科水牛屬下的動物，而黃牛則是牛科牛亞科黃牛屬下的動物。
因此這兩種牛是存在明顯的基因方面的差異。再加上在過去很長壹段時間，水牛普遍分布在南方地區，而黃牛在北方地區，地理方面也是有較大的差異。