1、形態差異：重唇魚的身體呈長條形，側扁，背部略隆起，腹部平坦。頭大，吻部突出，口下位，唇厚，呈肉質狀，上下唇均有發達的黏液腺。花骨魚的身體也呈長條形，但其為細長，側扁，背部隆起，腹部平坦。頭大，吻部突出，口下位，唇厚，呈肉質狀，但上下唇的黏液腺不如重唇魚發達。
2、生物學特征差異：重唇魚是壹種溫水性魚類，主要分布在南方的江河、湖泊和水庫中，以水生昆蟲、小型無脊椎動物和小型魚類為食。花骨魚是壹種冷水性魚類，主要分布在北方的江河、湖泊和水庫中，以水生昆蟲、小型無脊椎動物和小型魚類為食。