保健部下設4個業務科室和17個二級業務門診，以福建省婦女、兒童發展綱要為指導，作為全省婦幼保健業務指導中心，通過婦幼保健項目的實施，加強保健工作，規範產、兒科技術，開展基層婦幼衛生技術指導，降低孕產婦死亡率和嬰兒死亡率，為廣大婦女兒童提供優質的醫療保健服務。
臨床部下設婦科、產科、兒科、新生兒科、外科等臨床科室，檢驗科、影像科、超聲科等醫技科室。婦科、產科為全省重點學科，開展宮腔鏡、腹腔鏡、陰道鏡、高頻電波刀宮頸疾病診治技術、顯微輸卵管復通術等婦產科診療技術，在高危妊娠的監測與處理、婦科復雜手術等方面有豐富的臨床經驗。醫院建立婦科腫瘤實驗室，開展婦科腫瘤研究，為婦科腫瘤早期診斷與治療提供科學依據。產科實行家庭化病房和導樂式分娩，分娩量為全國同級醫院之首，新生兒科對危重癥搶救成功率在98%以上，技術達到國內領先水平。兒科對兒童常見病、疑難病癥的診治有豐富的臨床經驗。輔助科室配備有先進的全自動免疫、生化檢測儀、彩超、CT、MRI等設備，為臨床科室提供強大的技術支持。