雙向電泳就是等電聚焦電泳和SDS-PAGE的組合。
相關如下
先進行等電聚焦電泳（按照蛋白等電點pI分離）：在膠中加入雙性電解質溶液，加上電場後建立穩定PH梯度，蛋白質溶液加入後建立電場，蛋白以不同PI分離開來。
然後再進行SDS-PAGE（按照分子大小）：將上壹步的膠加上橫向電場，同壹PI中聚集的蛋白，由於分子量不同而分開。經染色（壹般是銀染）得到的電泳圖是個二維分布的蛋白質圖。
二維電泳使用於蛋白組學研究，對大批量蛋白篩選鑒定中存在很大優勢，通過不同膠做對比，把不同處的膠割出來單獨鑒定。