有四個主要的色譜柱參數需要考慮：固定相、內徑、柱長和液膜厚度。
1. 選擇合適的固定相 — 這壹關鍵的決定主要基於選擇性、極性和苯基含量等因素。如果不確定要使用哪種固定相也無任何相關信息，可從 DB-1 或 DB-5 開始。低流失的 ("ms") 色譜柱通常惰性較強，並且溫度上限較高。超高惰性 1ms、5ms 和 35ms 色譜柱具有最低的柱流失和最高的柱惰性，可用於分離廣泛分析物，包括活性化合物和痕量樣品。使用極性最弱的固定相能提供滿意的分離度和分析時間。非極性固定相與極性固定相相比具有更長的柱壽命。使用極性與溶質的極性類似的固定相。這壹方法很有效，但是，最好的固定相不總是使用此項技術才發現的。如果具有不同偶極作用或氫鍵力的混合物分離較差，換用具有不同偶極（不壹定要更大）或氫鍵相互作用的固定相。壹旦改變固定相，可能會出現其它***流出物，因而新的固定相不壹定能提供更好的總分離度。如果可能，避免使用含有與選擇性檢測器產生高響應官能團的固定相。DB-1 或 DB-5、DB-1701、DB-17 和 DB-WAX 以最少數量的色譜柱能覆蓋最大範圍的選擇性。PLOT 柱用於在高於室溫的柱溫下分析氣體樣品。
2. 了解色譜柱直徑如何影響諸如柱效、溶質保留值、柱頭壓力和載氣流速等參數。當需要較高柱效時，使用 0.15、0.18 或 0.25 mm 內徑的色譜柱。內徑較小的色譜柱具有的柱容量最小，並需要最高的柱頭壓。
2. 當需要較高的樣品容量時，使用 0.32 mm 內徑的色譜柱。與 0.25 mm 內徑的色譜柱相比，它們對於不分流進樣或大體積 (>2 μL) 進樣時早流出的溶質有更佳的分離度。只有在儀器配備大口徑直接進樣器並需要較高的柱效時，才使用 0.45 mm 內徑的色譜柱。特別適用於高載氣流速的情況，比如吹掃-捕集、頂空進樣器和閥進樣的應用。只有配備大口徑直接進樣器時，才使用 0.53 mm 內徑的色譜柱。特別適用於高載氣流速的條件，比如吹掃-捕集和頂空進樣器。0.53 mm 內徑色譜柱在恒定的膜厚情況下具有最高的樣品容量。
3. 確定多長的柱長會影響溶質保留值、色譜柱柱頭壓力、色譜柱流失 — 以及成本。如果不知道最佳長度，請先使用 25-30 米長的色譜柱。10-15 米的色譜柱十分適用於分離含有很容易分離的溶質的樣品或含溶質較少的樣品。內徑很小
的色譜柱通常采用較短的長度以降低柱頭壓。如果通過其它方法（較小內徑、不同的固定相、改變柱溫）不能達到滿意的分離度時，應使用50-60 米長的色譜柱。這種色譜柱適合分離含有很多組分的復雜樣品。長的色譜柱的分析時間較長、費用較高。
4. 從柱容量、惰性、流失和溫度上限出發，正確評估薄、厚液膜色譜柱的不同。對於 0.18-0.32 mm 內徑的色譜柱，其平均或標準（即，不厚也不薄）膜厚為 0.18- 0.25 μm，可用於大多數分析對於 0.45-0.53 mm 內徑的色譜柱，其平均或標準（即，不厚也不薄）膜厚為 0.8- 1.5 μm，可用於大多數分析。厚液膜色譜柱用於保留和分離揮發性溶質（如輕質溶劑、氣體）。厚液膜色譜柱惰性更好，柱容量更大。厚液膜色譜柱表現出較高的柱流失，降低了使用溫度上限。薄液膜色譜柱用於降低高沸點、高分子量溶質的保留 (如類固醇、甘油三酯)。薄液膜色譜柱惰性較低，具有較低的柱容量和柱流失