常見的並發癥有:
1.巴雷特食管引起的潰瘍發生率為2% ~ 54%。食管柱狀上皮被酸性消化液腐蝕後可發生潰瘍，疼痛可向背部放射，還可引起穿孔、出血、浸潤，潰瘍愈合後狹窄，出現吞咽不暢的癥狀。它甚至可以穿透主動脈，導致大出血和快速死亡。Barrett潰瘍有兩種病理類型，最常見的是鱗狀上皮段的淺表性潰瘍，類似於反流性食管炎引起的潰瘍。另壹種罕見的類型是柱狀上皮段的深部潰瘍，類似於消化性潰瘍。
2.食管狹窄是Barrett食管最常見的並發癥，發生率為15% ~ 100%。狹窄部位多在食管中上段鱗狀上皮和柱狀上皮交界處，而胃食管反流引起的狹窄多位於食管下段。反流性食管炎的發病率為29% ~ 82%。病變可以只涉及柱狀上皮，也可以同時涉及鱗狀上皮和柱狀上皮。
3.Barrett食管的癌癥發病率不確切，長期反流可能在Barrett食管中起惡性作用。但也有研究認為，對巴雷特食管病患者進行抗反流手術並不能使這些柱狀上皮消失，也不能降低惡變的風險。Barrett食管柱狀上皮可發生異型增生，程度可從低到高。低度異型增生有時與正常柱狀上皮難以區分，高度異型增生有時與原位癌難以區分，可進展為浸潤性癌。這些惡性腫瘤是腺癌。需要指出的是，具有良性柱狀上皮的賁門腺癌和作為腺癌的柱狀上皮不典型增生的內鏡表現是有區別的。巴雷特食管不典型增生是壹種癌前病變，這壹點已經被大多數人所認識。
4.消化道出血可表現為嘔血或便血，並伴有缺鐵性貧血，發病率約為45%，其出血來源為食管炎和食管潰瘍。