首先，光合作用不同
1，紅孢菌:是壹種厭氧生物，在反應過程中不釋放氧氣，進行原始光合磷酸化。
2、藍藻:產氧光合作用。
第二，性質不同
1，紅孢菌:紅孢菌屬於厭氧生物。
2.藍藻:藍藻屬於產氧光合細菌。
第三，價值不同
1、紅孢菌:根據紅孢菌的特性，在環保工作中已將其用於凈化高濃度有機廢水，以達到保護環境、消除汙染的目的。
2.藍藻:藍藻在植物學和藻學上被歸為藍藻門。由於細胞結構簡單，沒有核膜和核仁，只有假核、葉綠素和藻藍蛋白，沒有葉綠體。因此，它屬於monera王國中的藍藻菌門，該門的細菌稱為藍藻菌。對生物進化、光合機制和生命起源的研究具有重要意義。
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百度百科-藍藻