近年來，隨著水產養殖單位產量的大幅增加，水產品的投入也隨之增加，容易導致水質惡化或汙染。
特別是在投餵後期，水中有機物、氨、亞硝酸鹽含量高，對水產養殖產品的正常生長影響很大。
光合細菌具有許多不同的功能，如固氮、固碳、硫化物氧化和促進有機物的充分分解。光合細菌應用於養殖池塘水體後，可有效降解養殖水體中殘留的餌料、糞便等有機物，通過吸收利用水體中的氨氮、亞硝酸鹽、硫化氫等有害物質，促進有機物的循環，達到凈化水質的目的，為養殖產品提供優良的生長環境。