牡蠣殼在剖面上可分為三層；最外層是薄而透明的角質層，最厚的壹層是由碳酸鈣組成的柱狀結構稱為棱柱層，內層是碳酸鈣的片狀結構稱為珍珠層。
牡蠣殼由下地幔分泌，下地幔從殼的頂部延伸到腹部邊緣。它是兩層上皮細胞，中間夾有結締組織。膜中有肌纖維使其附著在殼的內表面。外套膜邊緣增厚形成三層褶皺，內側褶皺上有放射狀肌肉和環狀肌肉使邊緣緊貼殼。皺襞內有大量的感覺細胞或感覺器官，具有觸覺和視覺功能。外褶有很強的分泌功能。