蜈蚣生殖系統的生殖腺都在消化道的背面，為單卵巢或精巢。有壹個生殖管道，即輸卵管或輸精管，後來分成兩部分，繞過消化道，分別通向雄性和雌性生殖孔。此外，還有兩對附屬性腺通向生殖導管的末端。雌蜈蚣有兩個精囊，雄蜈蚣有兩個精囊，都通向輸卵管和輸精管的末端。
雌蜈蚣卵成熟時充滿體腔，臨產前母體精囊內有精子，使完全成熟的卵在排卵時與精子結合成為受精卵並排出體外。