1，容易被雜菌汙染
自制“果酶”采用自然發酵，類似於自制葡萄酒，但用於發酵的水果並不僅限於葡萄。水果在發酵過程中容易被雜菌(如真菌)汙染，所以家裏生產的“果酶”可能只是“發黴水果浸泡的水”。
2、亞硝酸鹽和甲醇。
眾所周知，腌菜等食物中含有大量的亞硝酸鹽。天然發酵的水果酵素往往會產生更多的亞硝酸鹽，因為菌種不易控制。由於工藝限制，也可能產生更多的甲醇。
3.高含糖量
制作“果酶”時，往往需要添加大量的糖，含糖量通常在10%以上。喝多了會增加糖分的攝入。這種“酵素”不適合家裏有肥胖和糖尿病的人。
擴展數據:
酶其實就是壹種“酶”，壹種生物催化劑，壹種特殊的蛋白質，承擔著人體新陳代謝的各種化學變化。
酵素近年來在亞洲國家流行，如日本、馬來西亞、新加坡、泰國等。壹方面是因為這些地區的熱帶水果比較多，做酵素非常方便。另壹方面，壹些酶的先驅，如泰國的勒蘇坤博士和馬來西亞的溫秀芝博士，發現酶可以給身體解毒。但對於酶的實際功效，目前仍有不同看法。
“果酶”其實是指水果發酵後得到的混合物，主要由水、糖、果酸和少量的酶組成，與原來的“酶”相差甚遠。而且，其宣稱的瘦身和消化效果與酶無關。有時間自己做酵素的話吃個水果更好。
人民網-自制酵素謹防細菌超標
人民網自制酵素真健康專家:易產生有害物質。