以下生物的錯誤分類是甲藻、酵母、阿米巴和四球。

B，有核膜的有:酵母，阿米巴，小球藻，水綿，所以B錯了。

C，有核糖體但沒有染色體:①顫藻，⑦大腸桿菌，⑨肺炎球菌，所以C是正確的。

D、自養是:①顫藻④小球藻⑤水綿，所以D是正確的。

因此，選擇:b。