內設機構
辦公室
主要職責 負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作以及安全、保密、信訪等工作；承擔統計、綜合信息管理工作；指導本系統信息化建設；負責有關食品藥品安全突發事件應急管理的組織、指揮和協調工作；承擔新聞發布和新聞宣傳工作。
政策法規處
主要職責 起草食品藥品監督管理方面的地方性法規、規章草案；承擔規範性文件的合法性審核工作；承擔行政執法監督工作；承擔行政復議、行政應訴和聽證等工作；承擔食品藥品監管有關重大政策的調查研究工作。
食品安全檢查處（食品許可處）
主要職責 負責消費環節食品安全監督管理工作；監督實施消費環節食品安全管理規範；承擔消費環節食品安全狀況調查和監測工作，發布與消費環節食品安全監管有關的信息；依法承擔有關化妝品安全性評審工作；承擔化妝品衛生監督管理工作；承擔食品、化妝品衛生許可管理工作；監督實施食品、化妝品衛生許可的有關規範；依法承擔化妝品新原料使用、國產特殊用途化妝品生產等的審批工作。
藥品註冊處
主要職責 監督實施國家藥品標準；擬訂地方中藥材標準、中藥飲片炮制規範和醫療機構制劑質量標準；受國家局委托，承擔相關藥品、直接接觸藥品的包裝材料和容器、藥用輔料的註冊工作；負責醫療機構制劑註冊及管理工作；初審臨床藥理基地，負責新藥臨床試驗的監督管理；監督實施藥物非臨床研究、藥物臨床試驗質量管理規範；實施中藥品種保護制度；指導全省藥品、藥品包裝材料檢驗機構的業務工作。
醫療器械處
主要職責 監督實施醫療器械、衛生材料產品的法定標準和醫療器械產品分類管理目錄；負責核發二類醫療器械產品註冊證,復核註冊產品標準；監督管理醫療器械臨床機構；組織實施醫療器械質量體系考核，監督實施醫療器械生產、經營質量管理規範及認證工作；負責核發醫療器械生產、經營許可證及現場檢查工作，負責壹類醫療器械生產企業備案；負責組織醫療器械註冊核查工作；負責醫療器械不良事件監測和再評價工作；指導醫療器械檢測和技術審評機構的業務工作。
藥品安全監管處
主要職責 監督實施中藥材生產、藥品生產以及醫療機構制劑等質量管理規範；核發藥品生產、醫療機構制劑許可證；按管理權限，承擔藥品委托生產的初審、審批和監督管理工作；承擔藥品生產及醫療機構制劑配制等許可的監督工作；配合實施國家基本藥物制度，初審並推薦國家基本藥物目錄和非處方藥物目錄，初審處方藥與非處方藥轉換評價；依法監管醫療用毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品、戒毒藥品和藥品類易制毒化學品的生產、使用；組織實施藥品不良反應監測、藥品再評價和淘汰工作。
藥品市場監督處
主要職責 監督實施處方藥、非處方藥、中藥材、中藥飲片的購銷規則；監督實施藥品經營質量管理規範；依法核發藥品經營許可證;依法對醫療機構藥品使用實施監督；依法監管醫療用毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品、戒毒藥品和藥品類易制毒化學品的經營；監管中藥材專業市場; 監管互聯網藥品信息服務和交易行為；組織實施處方藥與非處方藥分類管理制度；負責藥品、醫療器械廣告的審批和監督。
規劃財務處
主要職責 擬訂部門發展規劃並組織實施；承擔國家投資項目的初審、申報及實施中的管理工作；擬訂局機關和直屬單位財務管理制度並組織實施；編制局機關和直屬單位經費預算、決算並監督執行；管理局機關和直屬單位財務和資產，承擔局機關日常財務核算工作；承擔局機關和直屬單位行政事業性收費的監督管理；承擔局機關和直屬單位內部審計工作。
人事教育處
機關黨委
監察室
稽查總隊
離退休管理處 負責局機關離退休人員管理、服務工作，指導直屬單位離退休人員管理、服務工作。
直屬機構
藥品審評與不良反應監測中心