在SARS（中國大陸俗稱 "非典型肺炎"）的非常時期，鐘南山不僅站在醫療救死扶傷的最前沿，還積極奔赴疫區指導醫療工作，倡導與國際衛生組織密切合作，被全國政協授予全國 "五壹獎章"。
鐘南山榮獲全國 "五壹 "勞動獎章，同時被廣東省記特等功壹次，被廣州市政府授予 "抗非英雄 "稱號。
在2003年抗擊 "非典 "中，鐘南山親赴疫區指導醫療救治，主持制定了我國 "非典 "等急性傳染病診療指南，為戰勝 "非典 "疫情作出了重要貢獻。"2020年1月21日，新型冠狀病毒聯防聯控機制科研組第壹次會議，鐘南山任組長。他再壹次挺身而出，奮戰在抗疫第壹線。
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榮譽：
1984 年，鐘南山被授予中國首批國家級有突出貢獻專家稱號。
1995年，鐘南山被評為全國先進工作者（全國勞動模範），榮獲全國五壹勞動獎章。
1996年5月，他當選為中國工程院院士。
2003年，鐘南山再次被評為全國先進工作者（即全國勞動模範），並榮獲全國五壹勞動獎章。
2003年6月19日，鐘南山因在抗非鬥爭中表現突出，被廣東省委、省政府授予唯壹的特等功。
2003年，鐘南山被廣州市授予 "抗非英雄 "榮譽稱號。
2004年，鐘南山被評為2003年感動中國十大人物之壹。
2004年4月8日，鐘南山被授予中國國內衛生系統的最高榮譽--白求恩獎章。
2016年6月1日，鐘南山榮獲中國工程界最高獎--第十壹屆光華工程科技獎。
2018年12月18日，黨中央、國務院授予鐘南山改革先鋒稱號，頒發改革先鋒獎章，並被評為 "公共**** 衛生事件應急體系建設的重要推動者"。
2019年12月18日，鐘南山入選 "70年70位歸國華僑 "名單。