醫藥企業多、小、散、亂的問題突出，缺乏大型龍頭企業。 全國醫藥工業企業3613家，其中大型企業423家，只占總數的11.7%。多數企業專業化程度不高，缺乏自身的品牌和特色品種。大多數企業不僅規模小、生產條件差、工藝落後、裝備陳舊、管理水平低，而且布局分散，企業的生產集中度遠遠低於先進國家的水平。2000年，我國醫藥工業銷售額最大的60家企業的生產集中度是35.7%，而世界前20家制藥企業的銷售額占全世界藥品市場份額的60%左右。
2.以企業為中心的技術創新體系尚未形成。
新藥創新基礎薄弱，醫藥技術創新和科技成果迅速產業化的機制尚未完全形成，醫藥科技投入不足，缺少具有我國自主知識產權的新產品，產品更新慢，重復嚴重。化學原料藥中97%的品種是仿制產品。老產品多、新產品少；低檔次與低附加值產品多、高技術含量與高附加值產品少；重復生產品種多、獨家品牌少。有些產品如慶大黴素、撲熱息痛、維生素B1、甲硝唑等制劑有幾十家甚至上百家企業生產。即便是新產品，重復生產現象也很嚴重，如二類新藥左旋氧氟沙星制劑就有34個企業生產、克拉黴素制劑有35個企業生產。
應用高新技術改造傳統產業的步伐較慢。多數老產品技術經濟指標不高，工藝落後，成本高，缺乏國際競爭能力。
3.醫藥流通體系尚不健全。
在計劃經濟體制下形成的三級批發格局基本打破以後，新的有效的醫藥流通體系尚未完全形成，非法藥品集貿市場屢禁不止。加上生產領域多年來的低水平重復建設，致使多數品種嚴重供大於求，流通秩序混亂，治理任務艱巨。但現在以九州通、國藥控股、華潤等龍頭醫藥流通企業在大規模的並購商業公司，以改變現在的醫藥市場情況。
4.醫療器械產品質量性能較差。
我國自己能生產的醫療器械產品大多數是附加值較低的常規中低檔產品，而臨床上所需的高、精、尖醫療器械與新型實用醫療設備多數需進口。常規醫療器械產品的更新換代慢、科技含量低，產品質量不能滿足醫療衛生高質量的要求，產品返修率與停機率高於國外同類產品，產品的可靠性不穩定。
5.制劑品種與原料藥品種不相匹配。
我國已是國際上原料藥生產大國，但對藥物制劑技術開發研究不夠，制劑水平低，大多數制劑產品質量不高，難以進入國際市場；我國平均壹種原料藥只能做成三種制劑，而國外壹種原料藥能做成十幾種甚至幾十種制劑；制劑技術落後，制劑產品質量穩定性不高。
6.醫藥產品進出口結構不合理。
我國仍然沒有擺脫傳統的出口附加值較低、汙染較重的化學原料藥及常規手術器械、衛生材料、中藥材，而進口價格昂貴的制劑及大型、高檔醫療設備的進出口模式，高新技術產品出口比重較低。
國際市場開發力度不夠，信息渠道不暢，對國際市場信息反應遲緩。特別是缺乏聯合開拓國際市場的意識與機制。