1.職工醫保去二甲醫院和三甲醫院的區別主要體現在報銷比例上。在二甲醫院，職工醫保的報銷比例壹般較高，可以支付的醫療費用較多；而在三甲醫院，報銷比例相對較低，需要個人支付的費用較多。
2.另壹個區別在於醫療服務範圍。二級醫院壹般是基層醫療機構，提供基本的醫療服務，而三級醫院是大型綜合醫院，提供的醫療服務更豐富、更先進，包括各種專科和先進的診療技術。
二、三級醫院的醫保報銷比例不同：
1.居民醫保：
壹檔報銷比例：二級醫院60%，三級醫院50%，壹檔年度住院費用最高報銷限額為20萬元。
二級報銷比例：二級醫院65%，三級醫院55%，4萬-30萬元的按70%報銷，二級醫院年度住院費用最高報銷限額30萬元。
起付線：二級醫院500元，三級醫院800元。
部分藥品或檢查費用自理，即100%自費。使用自費的特殊藥品或材料時，醫生應告知患者或家屬。
當年個人自付費用超過1.2萬元的部分，納入特定重大疾病補助範圍，可進行二次報銷。
2、職工醫保：
報銷比例：二級醫院85%，三級醫院80%。職工醫保患者同壹自然年度內年度住院費用最高報銷限額為46萬元。
起付線：二級醫院700元，三級醫院900元。
綜上所述，雖然各地醫保報銷比例不同，但基本遵循同壹原則，即等級越高，報銷比例越低。
法律依據：
《社會保險法》
第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診搶救規定的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。
第二十九條
參保人員醫療費用中應由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。