關稅管理制度1973年頒布的《海關法》是印尼關稅制度的基本法律。現行的進口關稅稅率由印尼財政部於1988年制定。自1988年起，財政部每年以部長令的方式發布壹攬子“放松工業和經濟管制”計劃，其中包括對進口關稅稅率的調整。印尼進口產品的關稅分為壹般關稅和優惠關稅兩種。印尼關稅制度的執行機構是財政部下屬的關稅總局。
為了實施東盟自貿區協定稅率，印尼政府修訂了關稅表，宣布自2007年9月14日起，將其中部分產品的約束關稅稅率下降到20%至45%之間。這些產品包括線材、鋼鏈、鋁箔以及汽車零部件。
根據《中國―東盟全面經濟合作框架協議貨物貿易協議》，自2007年起，印尼對自中國進口的產品關稅降至8%。中國與印尼雙方還相互承諾，在2010年前，將逐步削減進口關稅，對絕大多數進口產品實行零關稅。
2008年5月22日，為推動國內汽車組裝業發展，印尼財政部發布新的條例，即在2010年前，將整套汽車散件（CKD）的進口稅率從目前的5%～40%下調至5%～15%。2008年上半年，印尼政府根據市場行情調高了棕櫚油的出口關稅稅率，其他商品關稅稅率無重大調整。
進口管理制度印尼的進口管理主要靠《1934年貿易法》來規範。印尼貿易部（原印尼工業與貿易部）是印尼貿易主管部門，其職能包括制定外貿政策，參與外貿法規的制定，劃分進出口產品管理類別，進口許可證的申請管理，指定進口商和分派配額等事務。
印尼政府對某些產品實行進口許可管理制度，包括自動許可和非自動許可。實施進口許可管理時，主要采用配額和許可證兩種形式。
2008年1月21日，印尼財政部長簽署2008年第壹號條令，宣布自1月21日起，正式取消10%的進口大豆關稅。而在此前，印尼政府已取消了進口大豆的增值稅。
2008年5月8日，印尼貿易部表示，印尼政府將重新調整數項紡織品進口條例與規定，並於2010年放寬紡織品進口。
2008年9月3日，印尼工業部長表示，因國內白糖供應過剩，政府將停止白糖進口，工業部已向政府提議停發粗糖和精制糖的進口許可。
2008年10月31日，印度尼西亞貿易部部長於10月31日簽署第44／M-DAG／PER／10／2008號條例，規定自2008年12月15日至2010年12月31日，出口到印度尼西亞的電器、鞋、兒童玩具、飲料、食品及服裝等六項消費產品須由已合法註冊的進口商進口，並在指定的雅加達丹絨普祿、三寶龍丹絨埃瑪斯、泗水丹絨北臘、棉蘭勿佬彎及錫江蘇加諾哈達等5個港口或者其境內的所有國際機場進口。
出口管理制度印尼工貿部1998年第558／MPP／Kep／12／1998號部長令和貿易部2007年第01／M-DAG／PER／1／2007號法令則是印尼出口管理的基本制度。上述法令將出口貨物分為4類，並規定企業及個人出口貨物必須持有商業企業註冊號（TDUP）／商業企業準字（SIUP）或由技術部根據有關法律簽發的商業許可，以及企業註冊證（TDP）。
2008年5月9日，印尼貿易部宣布，為打擊走私活動，提高礦產品出口監管力度以遏制非法貿易活動，同時提高印尼礦產品出口質量，便於國家掌握更精確的相關數據，印尼政府從2008年7月5日開始對礦產品出口實施更嚴格的審查程序。審查程序包括出口商向監管部門提供礦石產地、數量、質量、船運情況等壹系列信息。審查對象則主要為煤、石墨、銅、鎳、釩土、鋅、金等具有戰略價值的金屬礦。
2009年1月開始對向中國出口的印尼產水產品實施註冊制度，有關質檢、檢疫問題由兩國的相關部門按照商定辦法實施。
投資管理制度2007年4月26日，印尼頒布第25號《投資法》，取代1967年《外國投資法》和1968年的《國內投資法》，成為壹部統壹規範國內外投資的法律。根據此法律，國內外投資者可自由投資任何營業部門，只有在交通、采礦、傳播和武器裝備等4個領域，因關系國家穩定和機密而有所保留，對外資設限。此外，外資只能在與交通有關的公司和項目中持有最高達45%的股權，在傳播領域方面則不能擁有超過20%的股權。
2007年7月4日，印尼頒布第25號《投資法》的衍生規定，即《2007年關於有條件的封閉式和開放式投資行業的標準與條件的第76號總統決定》和《2007年關於有條件的封閉式和開放式行業名單的第77號總統決定》。規定25個行業被宣布為禁止投資行業，僅能由政府從事經營，禁止外商投資的行業主要包括無線電廣播與電視廣播、公路設備安裝、經營機動車輛定期檢驗、含酒精飲料工業、糖精工業和黑錫金屬工業等。另外，有43個行業鼓勵中小型企業投資，36個行業為有條件開放的投資行業。
2007年8月，印尼中央與地方政府開始實行投資審批壹站式服務。實行壹站式服務之後，每個部門都會派代表到投資統籌機構辦事處，以便加快辦理審批手續。2008年，印尼首都雅加達專區實施簡化投資手續後，執照辦理過程由156天縮短為38天，申請許可證的程序也相應地由19項減為8項。
最近的貿易投資保護措施主要有第25號《投資法》及2008年28號總統令，有4項稅務激勵措施將於2009年正式生效。據此，勞動密集型企業的發展將有望得到印尼政府的重點扶植。