第壹步：申請人登錄原發證的食品藥品監督管理部門申報端或省級食品經營許可管理系統（網上申請），填寫《食品經營許可註銷申請書》並附相關申請材料。
第二步：申請人向原發證的食品藥品監督管理部門提交申請資料，材料齊全、符合法定形式的，予以受理；申請材料存在可以當場更正的錯誤的，允許申請人當場更正；申請材料不齊全或者不符合法定形式的，應當場或者在五個工作日內壹次性告知申請人需要補正的全部內容。
第三步：符合條件的，依法作出準予許可的書面決定；不符合條件的依法作出不予許可的書面決定，在說明理由的同時，告之申請人享有依法申請行政復議或提起行政訴訟的權利。
第四步：申請人到原發證的食品藥品監督管理部門食品藥品監管局窗口領取《準予註銷通知書》或不予註銷決定書。
辦理條件
（壹）準予批準的條件：申請材料齊全、符合規定；
（二）不準予批準的情形：申請材料不符合規定；
（三）其他需要說明的情形
1.食品經營者終止食品經營，食品經營許可被撤回、撤銷或者食品經營許可證被吊銷的，應當在30個工作日內向原發證部門申請辦理註銷手續。
2.本行政審批無審批數量限制。
申辦材料
（壹）申請材料形式標準：
1.申請資料按順序裝訂,裝訂整齊、牢固，內容完整、清晰。
2.申報紙質資料使用A4規格紙張打印。
3.填寫申請書應當字跡工整，需提交復印件的，應當在復印件上註明與原件壹致，並由申請人或者委托代理人簽字或蓋章。
4.要確保提交的網上申請資料與紙質資料壹致、準確，並對其真實性、有效性、合法性負責。
5. 申報資料原件壹份。
法律依據
第三十七條 有下列情形之壹，食品經營者未按規定申請辦理註銷手續的，原發證的食品藥品監督管理部門應當依法辦理食品經營許可註銷手續：（壹）食品經營許可有效期屆滿未申請延續的；
（二）食品經營者主體資格依法終止的；
（三）食品經營許可依法被撤回、撤銷或者食品經營許可證依法被吊銷的；
（四）因不可抗力導致食品經營許可事項無法實施的；
（五）法律法規規定的應當註銷食品經營許可的其他情形。
食品經營許可被註銷的，許可證編號不得再次使用。