長期以來，由於政府投入不足，我國基層醫療衛生機構依賴"賣藥"維持生計，"以藥養醫"是其生存的主要手段。
如果取消了藥品加成部分，鄉鎮衛生院將面臨著職工工資、設備投入、人才培養、正常運轉經費等壹系列問題。 按照方案的要求，實行零差率銷售後，由財政、衛生等部門依據鄉鎮衛生院和社區衛生服務機構承擔的工作任務量和人員編制情況，合理核定其收入和支出，收支差額部分由政府多渠道予以足額補助。但實行起來卻有很大難度。這要求基層醫療衛生機構實施國家基本藥物制度，執行國家基本藥物和省增補的非基本藥物的有關規定。對基本藥物和增補的非基本藥物，采取公開招標、網上競價、集中議價和直接掛網等方式，實施統壹的網上藥品集中采購。 實施國家基本藥物制度的關鍵是財政補助，而完成人員核編定崗，是落實財政補助政策的前提。
鄉鎮衛生院雖曾進行過布局調整和上劃縣級衛生行政部門管理，但因為沒有統壹的編制標準，很多地方並沒有進行核編定崗，對分流人員安置辦法等後續政策也沒有跟上，以致人員"進口"和"出口"問題都沒有解決好。加之，條件差、待遇低，鄉鎮衛生院多年來很少補充新生力量，在崗不在編、在編不在崗的現象較為嚴重，這也是造成鄉鎮衛生院人才匱乏、服務水平普遍低、公***衛生職能弱化的重要原因。 因此，對基層醫療衛生機構實行基本藥物零差率的補償，既要考慮滿足其正常運轉需要，也要充分引導其提高服務質量和效率。
據介紹，對基層醫療衛生機構的考核內容主要是承擔的公***衛生和基本醫療服務，采取查閱資料、實地查看、現場問卷調查等方式，每年集中考核2次，分別是6月上旬和12月下旬。然後，再由財政、人事部門對考核結果進行審核。省市相關部門不定期對考核結果進行抽查。
考核合格的，按照有關規定核發補助。不合格的，按照考核檔次確定相應的補助水平。各基層醫療衛生機構考核不合格扣除的政府補助資金，由財政和衛生行政部門統籌用於醫療衛生機構的能力建設。 該項改革的主體是各級地方政府，縣壹級應該是最基本的單位。具體的補助標準，會因各地的財政狀態和實際情況而定，目前沒有統壹的標準。而且補助標準的計算十分繁雜，最好咨詢當地的政府及衛生主管部門。