進口保健食品申報人攜帶產品生產所在國(地區)政府主管部門或法律服務機構出具的資質證明及聯系人的委托書等。，並當場向中國食品藥品監督管理局行政受理服務部提出獲取備案管理信息系統登錄賬號的申請，經受理部審核同意後發放給備案人。
原註冊人的產品轉移備案的，應當向總局技術評價機構提出申請。總局技術審查機構應當對與備案申請相關的資料進行審查。符合要求的，應當將與產品相關的電子註冊信息傳遞給備案管理部門，並書面告知申請人可以向備案管理部門提交備案申請。
原註冊人包括:(1)保健食品原料目錄公布前受理保健食品註冊申請的原註冊申請人，其原料已列入保健食品原料目錄並符合備案相關技術要求；(二)原料已列入《保健食品原料目錄》並符合相關備案技術要求的註冊保健食品，申請產品備案的原保健食品註冊人。
《保健食品原料目錄》公布前受理的保健食品註冊申請和已註冊的保健食品不符合《保健食品原料目錄》和備案技術要求的，註冊申請人或者證書持有人同意按照《保健食品原料目錄》調整產品原料和技術要求，或者可以作為原註冊人。
《保健食品原料目錄》公布後，已註冊的保健食品，其原料已列入《保健食品原料目錄》，且產品符合相關技術要求的，原註冊申請人不得以原註冊人身份申請產品備案。
備案人獲得備案管理信息系統登錄賬號後，通過網站進入系統，按照相關要求認真閱讀並逐壹填寫備案人及申請備案產品的相關信息，逐壹打印系統自動生成的帶有條形碼和校驗碼、產品配方、標簽說明、產品技術要求的備案申請表，並與其他備案材料(檢驗機構出具的檢驗報告、公證文書、證明文件除外)壹起逐頁在文本上加蓋備案人公章。
備案人將所有備案紙質材料清晰掃描成彩色電子版(PDF格式)上傳至保健食品備案管理信息系統，確認後提交。
原註冊人已註冊(或申請註冊)產品備案的，進入保健食品備案管理信息系統後，可根據《保健食品原料目錄》及相關備案管理要求，對原註冊產品相關信息進行修改完善，並註明修改內容及原因。