各手術室空氣凈化系統在手術室墻面四角、凈化機組、天花板、走廊、新風機、排風機都設有不同級別的過濾器，並對其進行定期清潔、維修和更換，嚴格保證室內空氣的無菌；另外，層流手術室的衛生管理工作除了日常清潔工作和過去壹樣，不能有絲毫放松，還對室內的清潔工作有特殊的要求，室內墻角全部為弧形結構設計，找不到任何壹個90°的墻角，使細菌無處藏身，避免了清除不盡的死角，並且室內無須使用物理或化學方法進行消毒，這樣既節省勞動又防止外來汙染的進入。
二、正壓通氣
層流手術室不僅要求高度潔凈的空氣（進入手術室的空氣首先須經高效過濾器凈化），而且要求能控制氣流的流通方向（即采用層流超凈裝置），手術室內形成正壓環境，使氣流從潔凈度高的手術區域流向潔凈度低的區域，壹股細小、薄層的氣流，以均勻的流速向同壹方向輸送，並帶走和排出氣流中的塵埃顆粒（塵粒）和細菌。目前，層流手術室分為垂直層流式和水平層流式兩種。垂直層流式（Supply air ceiling for operating theatre）高效過濾器裝在手術病床的正上方，氣流垂直吹送，回風口設在墻面的四角，確保手術臺潔凈度達標，壹般多采用垂直層流式效果較好。正是采用的這種垂直的層流式，在手術室內的頂部還設置了壹個吊塔式的負壓吸引系統，將醫生在手術時呼出的空氣吸出塔外，進壹步保證手術室的潔凈和無菌，降低手術的感染率。
三、單通道流向
醫院在層流手術室與消毒櫃之間制作了壹堵墻，並設立進、出單通道，需消毒的物品經過“輸出”通道直接從手術室轉移到消毒櫃，消毒後經過“輸入”通道轉移到手術室，這樣避免了消毒物品在轉移的過程中二次汙染。