根據海關對綜合保稅區功能業務的規定，借鑒國內其他綜合保稅區的功能定位分析，考慮武漢現有海關特殊監管區域和口岸的發展，結合武漢東湖綜合保稅區在高新區和武漢城市群產業中心的區位優勢和產業發展方向， 武漢東湖綜合保稅區的功能定位是:以保稅加工為主，保稅物流為輔，積極拓展港口物流和保稅服務功能。
根據功能布局，東湖綜保分為保稅加工區、保稅物流區、口岸服務區和保稅服務區。結合武漢市和湖北東湖示範區科教產業和人才優勢，重點發展以光電信息產業為核心的進出口加工制造業和現代服務業，拓展R&D、加工制造、檢測、維修、貿易、物流、會展、結算等九大業務模塊。富士康、聯想、中外運等壹批代表性企業已入駐發展。武漢東湖國家自主創新示範區現有註冊企業1.8萬余家，年均新增企業2000家以上，形成了以光電信息為主導，以生物醫藥、裝備制造、能源環保、高新技術等產業為支柱的高新技術產業集群。
武漢東湖綜合保稅區將以上述產業集群為基礎，充分發揮“國內通關”的特殊區域政策優勢，全面提升區域綜合服務功能，打造開放型經濟發展新平臺，成為武漢東湖國家自主創新示範區的又壹張新名片。綜保區建成後，園區總收入將達到6543.8+00億美元，新增從業人員6543.8+萬人，保稅加工收入達到70億美元，保稅服務收入達到30億美元。屆時，高新區出口將占全市的2/3，全省的2/5。