壹、依據連鎖控制模式分類
1、直營連鎖藥店
直營連鎖藥店是指由總公司直接投資（全資或控股）開發、管理的連鎖藥店。
2、特許連鎖藥店
特許連鎖也稱加盟連鎖，是指擁有技術和管理經驗的連鎖藥店總部將擁有的商標、商號、產品、專利和專有技術、經營模式及銷售總部開發商品的特許權以特許經營合同的形式授予被特許門店使用，指導傳授加盟店各項經營技術經驗，並收取壹定比例的權利金及指導費的經營模式。
3、自願連鎖藥店
自願連鎖也稱自由連鎖，即自願加入連鎖體系的藥店。在自願加盟體系中，商品所有權是屬於自願連鎖的店主所有，而系統運作技術及藥店品牌的專有信息則歸總部持有。
4、托管
醫療機構托藥房托管是指醫療機構通過契約形式，在所有權不發生變化的情況下，將藥房交由具有較強經營管理能力並能承擔相應風險的法人有償經營和管理的壹種經營活動。
5、藥店聯盟
藥店聯盟，是指連鎖藥店集合聯盟會員組成聯盟，通過聯盟平臺幫助各聯盟會員實現采購、銷售等規模經濟目的的組織形式。
二、依據經營規模分類
從經營規模上，可分為地市性連鎖藥店、跨區域連鎖藥店和全國性連鎖藥店。
三、依據業態盈利模式分類
在盈利模式上，可分為多元化平價藥超、健康型藥店、藥診店、藥妝店、社區便利店、標準藥超、商超店中店、專科專業藥店、處方藥店、OTC乙類專櫃、網上藥店等多種業態盈利模式。
四、依據資本性質分類
從資本性質上看，出現了股市資本（海王）、風險投資（開心人）、民營資本（老百姓、成大方圓）、國有資本（過大、壹致）齊頭並進階段。
五、依據連鎖公司的運作模式分類
從連鎖公司的運作模式來看，出現了投資管理型、戰略控制型、業務控制型三種類型。
連鎖藥店的優勢與劣勢
壹、藥品連鎖經營的優勢
1、成本優勢
由於同壹進貨後，進貨批量大，連鎖藥店可以在更大範圍內選擇供應商，同時也擁有了更多與供應商談判的籌碼，因此能夠獲得較低的進貨價，降低進貨成本，具有成本優勢。
2、物流管理優勢
藥品連鎖經營至少有壹個配送中心，只負責本連鎖藥店的集中進貨、統壹配送，物流合理化不僅可以降低企業物流費用，減少商品銷售成本，更重要的是，通過改善物流，提高藥店的管理水平。
3、網絡優勢和信息優勢
藥店連鎖憑借其強大的網點輻射力和品牌號召力姥姥的控制了許多城市的藥品銷售終端。同時由於網點多，信息收集能力強，信息處理能力強。
二、藥品連鎖經營的劣勢
1、跨地域連鎖擴張受到限制
當前，連鎖藥店跨地域經營受到國家政策、地方保護主義、企業經營管理能力等方面的限制，企業跨區域經營開展較為緩慢。另外，政府支持力度不夠，重點表現在具體政策落實上。
2、連鎖加盟店缺乏有效控制
連鎖醫藥企業往往把特許連鎖作為擴大連鎖經營的壹條捷徑，多關註規模、數量、區域地盤，對連鎖經營的規模化只註重外在形式的統壹而忽視內在基礎的建設與控制，導致特許連鎖“連而不鎖”。
3、企業管理落後
連鎖藥店雖然大多實現了專業化經營，由於管理基礎差，管理體制和機制的不完備，企業決策生產的隨意性大，企業經營思路的不穩定，難以保障企業長遠發展；同時由於經營者眼光短淺、專業人才缺乏、人員流動性大、經營管理效率低等問題，也不利於連鎖藥店持續健康發展。
4、連鎖藥店多元化戰略受阻
多元化戰略對企業而言，不失為壹條改變經營狀況的有效途徑。然而連鎖藥店由於醫藥專營，要實現經營多元化，也存在著諸多問題，難以發展。