壹、申請：申報人通過食品藥品監管網進行網上申報。
二、受理：網上提交資料審查成功後5個工作日內，對材料不齊全或者不符合要求的，通過網上審批系統向申請人出具補正材料通知書；對不屬於本部門職權範圍或者申請事項不需要行政許可的，不予受理，並通過網上審批系統向申請人出具不予受理的理由和告知書；對符合要求的申請事項，向申請人出具電子《受理通知書》。申請人出具電子《受理通知書》。
三、審查：審查過程中如有需要配合的環節，申請人應積極配合。
四、決定：決策機構作出準予許可或不予許可的決定。
五、發證：
1．證書發放：
1、對準予許可的事項，網上即時生成《藥品生產許可證》電子證書。生成電子證書的同時，即時通知申請人可以領取行政許可電子證書，或者申請人可以持《受理通知書》和身份證領取證件。
2、不予許可事項，網上電子版《不予行政許可決定書》，系統即時通知企業，並同步在電子證照公示平臺公示。
其中需要註意的是：食品經營許可證是到食藥監局辦理的，在食藥監局網站上可以查詢所需信息，有疑問可以致電食藥監局咨詢。另外，如果食藥監局和工商局合並，則是到市場監管局辦理。
擴展資料：
壹、食品經營許可網上申請
1、企業用戶註冊和登錄
企業用戶要在網上辦理食品流通許可證業務，首先要註冊用戶
2、經營類型說明
選擇自己要辦理的經營類型再註冊辦理。
3、填寫相應的申請信息
填寫相應的經營類型填寫相應的信息，填寫完信息後認真核對信息的正確性，點擊 "保存 "按鈕保存，點擊 "打印 "按鈕，打印出相應的申請表和申請回執。點擊 "打印 "按鈕，打印出相應的申請表和申請回執。
4、到窗口申請
在網上預告後，攜帶所有申請材料到相應窗口（食品藥品監督管理局窗口）辦理。同意受理後，將上門現場核查，此環節結束，等待發證。
法律依據：
《中華人民共和國****、國家行政許可法》第二十九條 公民、法人或者其他組織從事特定活動，依法需要取得行政許可的，應當向行政機關提出申請。申請需要使用格式文本的，行政機關應當向申請人提供行政許可申請書格式文本。申請書格式文本不得含有與申請行政許可事項無直接關系的內容。申請人可以委托代理人提出行政許可申請。但是，依法應當由申請人向行政機關辦公廳提出行政許可申請的除外。